| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 66.3% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 66.3% | 93.1 / 82.6 | 83 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/14); new base T (24/31); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70364‑70501 | tGAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAAc > 1:1342840/1‑71 (MQ=255) aTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGcc < 1:162786/71‑1 (MQ=255) aTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGcc < 1:2591764/71‑1 (MQ=255) tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:2855976/71‑1 (MQ=255) tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:2264466/71‑1 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa < 1:3003587/70‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGc < 1:3504626/60‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtg < 1:1302303/70‑1 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa < 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gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTa < 1:1390346/71‑1 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCTCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg > 1:2385268/1‑57 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:1536493/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt < 1:1852714/54‑1 (MQ=255) tGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCg < 1:857152/70‑1 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATTCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:236902/71‑1 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt < 1:2244115/70‑1 (MQ=255) atcgcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:551249/68‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:2208686/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:2397587/71‑1 (MQ=255) 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tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGa > 1:3574502/1‑51 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg < 1:2677192/37‑1 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:1133256/1‑70 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt > 1:2868174/1‑63 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt > 1:3621303/1‑51 (MQ=255) gggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:2802911/61‑1 (MQ=255) gggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:1505137/61‑1 (MQ=255) ggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:1800355/60‑1 (MQ=255) ggATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa < 1:1630155/53‑1 (MQ=255) aCTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:1417064/1‑71 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGa > 1:1469508/1‑38 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAt > 1:2662483/1‑61 (MQ=255) 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1:2096186/1‑70 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt > 1:3174278/1‑46 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt > 1:226149/1‑46 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt > 1:2239348/1‑46 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAt > 1:1748152/1‑55 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAt > 1:759316/1‑55 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:806295/1‑71 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:842941/1‑71 (MQ=255) tAACGCCGATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:1679656/1‑44 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:3628559/1‑44 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:3532175/1‑44 (MQ=255) | TGAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70364‑70501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |