| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 232.6 / NA | 79 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (24/55); total (24/55) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303566‑1303696 | tAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:4134204/71‑1 (MQ=255)tAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:3085707/71‑1 (MQ=255) aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:4197798/1‑71 (MQ=255) cgaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt < 1:3751967/71‑1 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:1382207/71‑1 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:1388234/71‑1 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:2985798/1‑71 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:3159382/1‑71 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:2707047/63‑1 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:2891678/63‑1 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:3112995/71‑1 (MQ=255) gaaTCGTTCTTGAGCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg > 1:2126354/1‑71 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4398245/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4751092/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:3642349/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:4077883/71‑1 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:1799102/71‑1 (MQ=255) ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:3212729/71‑1 (MQ=255) ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:2827406/71‑1 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:3144603/1‑71 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:390568/60‑1 (MQ=255) ttGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:4056451/1‑66 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:1746741/68‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3699115/68‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:5204244/70‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:437070/70‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:4551709/70‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:3835502/70‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:4815427/71‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:2254944/71‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:300479/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2768343/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1648584/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:4724745/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:2940685/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:253918/71‑1 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:159093/1‑54 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:3968392/1‑54 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:867791/1‑70 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc > 1:4623229/1‑71 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:836120/71‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc > 1:1996783/1‑71 (MQ=255) gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc > 1:4340205/1‑70 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:2175136/67‑1 (MQ=255) ccTACTTGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1327750/71‑1 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg < 1:2378026/46‑1 (MQ=39) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:1204836/60‑1 (MQ=255) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:3870538/1‑71 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:4735635/1‑70 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt < 1:1232800/38‑1 (MQ=37) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:787967/1‑47 (MQ=39) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:4246985/1‑69 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:193553/70‑1 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:2552634/38‑1 (MQ=37) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2998469/44‑1 (MQ=38) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:2310236/45‑1 (MQ=38) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:5059113/61‑1 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa > 1:4858833/1‑68 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa > 1:2338575/1‑68 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCg > 1:3754932/1‑71 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCg > 1:1648434/1‑71 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCg < 1:1031558/71‑1 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:3030502/1‑54 (MQ=255) cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:2818252/1‑49 (MQ=39) cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt < 1:3618903/60‑1 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTATCTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg < 1:849765/71‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:463619/71‑1 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtgg < 1:4530738/71‑1 (MQ=255) cGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc < 1:2349060/55‑1 (MQ=255) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:2221412/48‑1 (MQ=39) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1218606/48‑1 (MQ=39) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:5130972/48‑1 (MQ=39) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:3116980/48‑1 (MQ=39) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:2137578/48‑1 (MQ=39) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:4666458/1‑71 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:1598445/1‑71 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:3751125/71‑1 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:1187064/71‑1 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTACTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:780365/71‑1 (MQ=255) | TAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303566‑1303696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |