| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 52 (0.890) | 17/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566065‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA < W3110S.gb/576913‑576845 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:1998854/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:4077946/1‑69 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:1315547/1‑69 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:4179304/1‑69 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:3020389/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:888239/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:2059009/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:5571712/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:1717667/1‑71 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:4081199/70‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC < 1:3418931/71‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:4355080/1‑71 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:5489343/1‑70 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC < 1:3721489/67‑1 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC < 1:3883356/67‑1 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCG > 1:2753463/1‑66 CCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA < 1:2282876/71‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:1961023/71‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:326048/71‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:3247535/71‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:3977361/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1074398/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:5474598/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:3561202/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:5490268/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:671826/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:678394/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:810346/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:3118883/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:913337/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1690664/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1233098/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:2477481/1‑35 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:2516747/1‑35 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:3468736/71‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCA < 1:5317392/71‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:1078636/1‑50 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:3719057/1‑50 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:3799955/1‑50 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:1034702/1‑50 ATTGCTGGGTAAAATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:4071443/1‑70 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGC > 1:909822/1‑71 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG < 1:1673916/71‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC < 1:881291/41‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC < 1:3573078/41‑1 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:2334570/1‑54 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:181349/1‑54 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:1332445/1‑54 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:5595121/1‑54 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:4500310/1‑54 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC < 1:3099307/40‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:2942692/70‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTACGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:251844/70‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:1352894/71‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:1661026/71‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:3206643/71‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:3003085/1‑36 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:5054348/1‑36 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:4833516/1‑36 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:4642722/1‑36 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:1652320/1‑70 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:1710448/1‑70 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:1199043/1‑70 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:3607539/1‑70 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:2666218/1‑70 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT‑CTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:4104840/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:5214789/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:4311221/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:2039403/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:3894335/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:2990206/1‑71 CAAGTCATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:820405/1‑49 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566065‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA < W3110S.gb/576913‑576845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |