| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 6 (0.100) | 70 (1.280) | 19/94 | NT | 92.6% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
GGCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018643‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGA > W3110S.gb/2519723‑2519793 GGCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGC > 1:2400908/1‑71GGCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGC > 1:642377/1‑71 GTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:1781951/71‑1 TCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:1396569/70‑1 GAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACT > 1:305144/1‑71 ggTCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTA < 1:113167/69‑1 GATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTA < 1:4320334/71‑1 GATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTA < 1:2936423/71‑1 GATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTA < 1:5371343/71‑1 GCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCAT < 1:118042/54‑1 GCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCAT < 1:790270/54‑1 GCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCAT < 1:3033724/54‑1 GCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCAT < 1:5152756/54‑1 TTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTTGGATCGCCCATA < 1:4029250/52‑1 TTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATA < 1:545122/52‑1 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG > 1:4599516/1‑71 TCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:5101806/71‑1 TCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:188009/71‑1 ctGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGT < 1:228695/65‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCG < 1:4693582/50‑1 AGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGTTTGTGGTATTACGC > 1:520080/1‑71 AGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATA < 1:103346/41‑1 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:525315/1‑71 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:4019166/1‑71 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:5240773/1‑71 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:4432160/1‑71 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:3488040/1‑71 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGC > 1:5450224/1‑70 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:3117955/1‑71 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:2923108/1‑71 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:2136080/1‑71 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:1603381/1‑71 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG > 1:775285/1‑70 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:4362361/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:4013578/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:1773115/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:3244789/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:3245986/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:3459130/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCACCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:2305558/60‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGAGCGCCCATAAGCGCTA < 1:4178134/44‑1 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATT > 1:2863471/1‑61 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:456309/70‑1 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:3511503/70‑1 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:4999472/70‑1 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:5582722/70‑1 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:1442839/70‑1 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:148101/70‑1 CGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:871254/71‑1 CGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTA < 1:3495830/41‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:861977/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:3639909/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:4761521/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:2700138/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:2273537/71‑1 CCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:5464977/71‑1 CCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:2253794/71‑1 CCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:2514330/71‑1 CCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:2345186/71‑1 GGATGGAGGGTGGTATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACTCCTGATAT < 1:376367/61‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:883457/48‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:125015/48‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:4127025/48‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:2794457/48‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC < 1:1097470/71‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC < 1:4693649/71‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC < 1:5585879/71‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:4498212/1‑48 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:45530/1‑48 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:4574359/1‑48 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:1182605/1‑48 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:3705439/1‑48 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:1460579/1‑48 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:1826413/1‑48 GGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC > 1:3998166/1‑70 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:1485484/1‑53 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:3356497/1‑53 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:2496798/1‑53 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACG > 1:56031/1‑48 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:171206/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1758660/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1013624/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1941521/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1465135/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:4923/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:750981/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:478961/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1425522/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2918649/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTC > 1:4940433/1‑70 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATT > 1:1559354/1‑64 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATT > 1:3607487/1‑64 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATT > 1:5266895/1‑64 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTCACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:2358743/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:3958868/71‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:4240155/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:3344454/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGT‑‑TGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGA > 1:5287838/1‑71 CCATAAACGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:717266/1‑71 GGCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018643‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGA > W3110S.gb/2519723‑2519793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |