| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 41.9% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 41.9% | 59.3 / 117.1 | 93 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/24); new base T (16/23); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
TGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACC > W3110S.gb/70368‑70498 | tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCATAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGccc < 1:1010004/71‑1 (MQ=255)tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCATAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGccc < 1:2751257/71‑1 (MQ=255)tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCATAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGccc < 1:4342011/71‑1 (MQ=255)tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:2831138/71‑1 (MQ=255)tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCCCATAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGccc < 1:4313784/71‑1 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCAt > 1:3474873/1‑71 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCAt > 1:4975806/1‑71 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCAt > 1:4305638/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |