| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,490,052 | C→T | 6.7% | S36F (TCC→TTC) | aldA → | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,490,052 | 0 | C | T | 6.7% | 345.7 / 11.1 | 104 | S36F (TCC→TTC) | aldA | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/48); new base T (2/5); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTTGTTACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAACCAG > W3110S.gb/1489988‑1490120 | tttGTTACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCAt < 1:3711495/71‑1 (MQ=255)tttGTTACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCAt < 1:132103/71‑1 (MQ=255) tGTTACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATa > 1:1488117/1‑70 (MQ=255) tGTTACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAc > 1:4392874/1‑71 (MQ=255) tGTTACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAc > 1:2207904/1‑71 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:832635/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:4016986/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:2785046/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:2774840/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:1998444/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:4903608/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:5050736/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:5058756/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:618044/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:1520312/71‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:5252238/71‑1 (MQ=255) tACCTGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATAccc < 1:4912732/70‑1 (MQ=255) tGGCGTGGAGACGCATGGATTGATGTGGTAAACCCTGCTACAGAGGCTTTCATTTTCCGCATACCCGATgg > 1:5398705/1‑71 (MQ=255) 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1:4319950/1‑70 (MQ=255) accccTGCTACAGAGGCTGTCAGTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGa > 1:3872008/3‑71 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCTTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGa > 1:1930641/1‑71 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAg > 1:2516549/1‑45 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGAt > 1:4976532/1‑54 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGAt > 1:2556454/1‑54 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGAt > 1:2344378/1‑54 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGAt > 1:4783445/1‑54 (MQ=255) aaCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGa > 1:1289720/1‑71 (MQ=255) aCCCTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGcc < 1:4464150/47‑1 (MQ=255) cccTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCATTCGATg < 1:721255/71‑1 (MQ=255) cccTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg < 1:413942/71‑1 (MQ=255) cccTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg < 1:1180773/71‑1 (MQ=255) cccTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg < 1:3192933/71‑1 (MQ=255) cccTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg < 1:2168948/71‑1 (MQ=255) cTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGAt > 1:883591/1‑68 (MQ=255) cTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg > 1:115190/1‑69 (MQ=255) cTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg > 1:1531569/1‑69 (MQ=255) cTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg > 1:1705268/1‑69 (MQ=255) cTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg > 1:2644550/1‑69 (MQ=255) cTGCTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATg > 1:4068412/1‑69 (MQ=255) cTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAg < 1:1907441/44‑1 (MQ=255) cTACAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAg < 1:5260133/44‑1 (MQ=255) aCAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGa > 1:1831111/1‑44 (MQ=255) aCAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGa > 1:1832744/1‑44 (MQ=255) cAGAGGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAg < 1:3218664/41‑1 (MQ=255) agGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGt > 1:5357552/1‑71 (MQ=255) agGCTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGt > 1:3907751/1‑71 (MQ=255) cTGTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGca < 1:5320592/71‑1 (MQ=255) gTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGcac > 1:1252260/1‑70 (MQ=255) gTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGcac > 1:1861837/1‑70 (MQ=255) gTCATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGcac > 1:4927978/1‑70 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:4579064/1‑71 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:5403434/1‑71 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:1447114/1‑71 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:5087334/1‑71 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:662052/1‑71 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:3047870/1‑71 (MQ=255) cATTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:4202609/1‑71 (MQ=255) aTTTTCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:5062633/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:1316414/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:382169/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:3187385/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:2950817/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:2646386/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:2137110/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAg < 1:3048305/42‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGcagcag < 1:1670785/58‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGcagcag < 1:4766805/58‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGcagcag < 1:1710333/58‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:4680390/1‑70 (MQ=255) aTTTCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAAc > 1:4444647/1‑70 (MQ=255) ttCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGaa > 1:1459368/1‑58 (MQ=255) ttCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGaa > 1:1214868/1‑58 (MQ=255) tCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAACCAg > 1:3898408/1‑70 (MQ=255) tCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAACCAg > 1:5285448/1‑70 (MQ=255) tCCCGCATACCCGATGGTCAGGCCGAGGATGCCCGTAAGGCAATCGATGCAGCAGAACGTGCACAACCAg > 1:4001219/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |