| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,005,656 | G→A | 8.1% | intergenic (‑62/‑462) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,005,656 | 0 | G | A | 8.1% | 193.2 / 6.4 | 62 | intergenic (‑62/‑462) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/29); new base A (2/3); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
TCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAAT > minE/1005589‑1005726 | tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctgc > 1:1814089/1‑69 (MQ=255) cGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCa > 1:2383713/1‑71 (MQ=255) gCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCAt > 1:1505569/1‑71 (MQ=255) atatTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTAc < 1:2634139/70‑1 (MQ=255) atTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg > 1:1112766/1‑71 (MQ=255) atTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg > 1:214964/1‑71 (MQ=255) cccTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCt < 1:2015415/70‑1 (MQ=255) cTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTaaa < 1:1091049/71‑1 (MQ=255) cTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTACTCATGTACGAGCTaaa < 1:909399/71‑1 (MQ=255) ttCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt > 1:740824/1‑71 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt < 1:1850269/69‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATg < 1:3089958/70‑1 (MQ=255) cATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt < 1:1591371/70‑1 (MQ=255) cATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt < 1:406992/70‑1 (MQ=255) cGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa > 1:4029484/1‑55 (MQ=255) cGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa > 1:2215031/1‑55 (MQ=255) ttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACt < 1:3661033/66‑1 (MQ=255) ttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGt > 1:2059367/1‑70 (MQ=255) ttGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaa < 1:3895826/70‑1 (MQ=255) tgatgaTGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaaaa > 1:4109215/1‑71 (MQ=255) tgatgaTGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaaaa > 1:701471/1‑71 (MQ=255) atgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTa > 1:3411675/1‑58 (MQ=255) atgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:635535/71‑1 (MQ=255) atgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:1135969/71‑1 (MQ=255) tgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataa < 1:3752595/71‑1 (MQ=255) tgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataa < 1:2426105/71‑1 (MQ=255) tgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataa < 1:2746042/71‑1 (MQ=255) atgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataaat > 1:3823661/1‑71 (MQ=255) atgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataaat > 1:418/1‑71 (MQ=255) tgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTa > 1:3402792/1‑54 (MQ=255) ggTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACTAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataaat > 1:3036441/1‑69 (MQ=255) ggTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt > 1:2663778/1‑49 (MQ=255) ggTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt > 1:769335/1‑49 (MQ=255) ggTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt > 1:1879062/1‑49 (MQ=255) ggTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataaat > 1:812475/1‑69 (MQ=255) gTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTACTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAg < 1:2090980/71‑1 (MQ=255) tttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 1:2719679/71‑1 (MQ=255) tttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 1:2724603/71‑1 (MQ=255) ccTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAAc > 1:518449/1‑70 (MQ=255) ccTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACa < 1:2857254/71‑1 (MQ=255) ccTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACa < 1:1326373/71‑1 (MQ=255) ccTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACa < 1:324229/71‑1 (MQ=255) cTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaa < 1:1861996/71‑1 (MQ=255) cTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaa < 1:3992633/71‑1 (MQ=255) tgtgTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATg > 1:1865738/1‑42 (MQ=255) gtCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaa < 1:3635082/67‑1 (MQ=255) tCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:3810769/54‑1 (MQ=255) tCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:322516/54‑1 (MQ=255) aGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataaa > 1:2558802/1‑54 (MQ=255) aGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCt < 1:1062995/71‑1 (MQ=255) aGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCt < 1:313984/71‑1 (MQ=255) aGGAGCCACACAAGCTACTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaaaa < 1:2345493/50‑1 (MQ=255) ggAGCCACACAAGCTACTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCta > 1:3102365/1‑71 (MQ=255) gAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAATTGTTa > 1:1029550/1‑37 (MQ=255) aGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCtata < 1:309512/71‑1 (MQ=255) aGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCtat > 1:157204/1‑70 (MQ=255) cacacaAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACg > 1:576553/1‑71 (MQ=255) cacacaAGCTACTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACg > 1:812750/1‑71 (MQ=255) cacaAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTa > 1:3809166/1‑71 (MQ=255) caAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTATTAAc < 1:1039163/52‑1 (MQ=255) caAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACt < 1:365677/71‑1 (MQ=255) aGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTg > 1:3207478/1‑70 (MQ=255) aGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTg > 1:848341/1‑70 (MQ=255) gctgctCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGaa < 1:1889336/71‑1 (MQ=255) tggctCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGaa < 1:2062207/68‑1 (MQ=255) ctgctCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGaa > 1:754687/1‑70 (MQ=255) tgctCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACa < 1:1704697/48‑1 (MQ=255) gctCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAAt > 1:2438650/1‑71 (MQ=255) | TCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAAT > minE/1005589‑1005726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |