| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,020,547 | G→A | 17.7% | intergenic (‑5/+34) | uidC ← / ← uidB | predicted outer membrane porin protein/glucuronide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,020,547 | 0 | G | A | 17.7% | 189.9 / 32.3 | 79 | intergenic (‑5/+34) | uidC/uidB | predicted outer membrane porin protein/glucuronide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/37); new base A (5/9); total (33/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
ATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACT > minE/1020477‑1020617 | aTAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTg > 1:1810028/1‑71 (MQ=255) tAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGc < 1:3340908/71‑1 (MQ=255) tAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGc < 1:2260018/71‑1 (MQ=255) aaGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCa > 1:551002/1‑71 (MQ=255) agagGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTACACCtt > 1:3010818/1‑71 (MQ=255) gagGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCttt < 1:1163348/71‑1 (MQ=255) ggTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGa > 1:1614705/1‑71 (MQ=255) ggCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTc > 1:1045066/1‑71 (MQ=255) ccAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCt > 1:520072/1‑70 (MQ=255) agagGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGat < 1:1515853/71‑1 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGatta < 1:590904/71‑1 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGt < 1:1326066/63‑1 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGt < 1:3305529/63‑1 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGt < 1:2386928/63‑1 (MQ=255) ggCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCAGCTTTGATGTTCTGattat < 1:1383970/71‑1 (MQ=255) gCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGattatt < 1:34131/71‑1 (MQ=255) aGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAtttt < 1:1314659/71‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAttttt < 1:1978733/71‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAttttt < 1:1208481/71‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAttttt < 1:438513/71‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTTATGTTCTGATTAttttt < 1:1265913/71‑1 (MQ=255) ccGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCAACTTTGATGTTCTGATTATTTTTa > 1:2328386/1‑71 (MQ=255) tCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTg < 1:3825017/71‑1 (MQ=255) tCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTg < 1:358072/71‑1 (MQ=255) cAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTg < 1:2966921/70‑1 (MQ=255) aGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAtttt > 1:1340084/1‑64 (MQ=255) aGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAtttt > 1:1520769/1‑64 (MQ=255) gCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGattatt < 1:4072360/60‑1 (MQ=255) gCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGaa < 1:2766624/69‑1 (MQ=255) gCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGaa < 1:765215/69‑1 (MQ=255) gCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTAt > 1:367058/1‑65 (MQ=255) cAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAatat < 1:465861/71‑1 (MQ=255) cAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAatat > 1:2248961/1‑71 (MQ=255) aaaTAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCTTAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAatat > 1:1807050/1‑70 (MQ=255) aTAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTc > 1:1133884/1‑48 (MQ=255) aTAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTc > 1:402143/1‑48 (MQ=255) aaCGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATattaat > 1:2805230/1‑70 (MQ=255) aCGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTAttttt < 1:1828583/56‑1 (MQ=255) aCGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATattaatta < 1:2267749/71‑1 (MQ=255) 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aCTATTTTTCTCATAGTTCCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCt > 1:1425146/1‑70 (MQ=255) aCTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTg < 1:3949174/71‑1 (MQ=255) cTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGat < 1:1117582/63‑1 (MQ=255) cTATTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGat < 1:713257/63‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTAtt < 1:2304399/45‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATatt < 1:2590708/52‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATatt < 1:3558023/52‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTg < 1:1258687/69‑1 (MQ=255) aTTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGt > 1:2664024/1‑58 (MQ=255) aTTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGt > 1:3406703/1‑58 (MQ=255) aTTTTTCTCATAGTTACACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGatat > 1:1967216/1‑63 (MQ=255) 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aTAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGa < 1:295539/37‑1 (MQ=255) aTAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGa < 1:1872721/37‑1 (MQ=255) aTAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGa < 1:1801785/37‑1 (MQ=255) aTAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgc > 1:1601662/1‑71 (MQ=255) gTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgctg < 1:1870311/70‑1 (MQ=255) gTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgctg < 1:1295758/70‑1 (MQ=255) ttGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTaa < 1:3559605/60‑1 (MQ=255) gCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTaa > 1:1471972/1‑58 (MQ=255) gCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACt > 1:2184304/1‑71 (MQ=255) | ATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACT > minE/1020477‑1020617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |