| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,049,684 | G→A | 12.9% | D244N (GAT→AAT) | ydhJ → | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,049,684 | 0 | G | A | 12.9% | 175.2 / 15.3 | 62 | D244N (GAT→AAT) | ydhJ | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/31); new base A (5/3); total (28/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
TCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGT > minE/1049617‑1049754 | tCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATg < 1:3417725/71‑1 (MQ=255) aCGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGt > 1:74665/1‑70 (MQ=255) gTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATg < 1:1775534/67‑1 (MQ=255) gTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTaa < 1:684358/71‑1 (MQ=255) gTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTaa < 1:2804085/71‑1 (MQ=255) tCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGAATGTTaa > 1:3521395/1‑68 (MQ=255) tCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGAATGTTaa > 1:1858077/1‑68 (MQ=255) ccAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATAAGAGCGTTGAAAGTGACT‑AAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCt < 1:3764658/70‑1 (MQ=255) cAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCt < 1:1568470/70‑1 (MQ=255) cAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCt < 1:2982772/70‑1 (MQ=255) cAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCt < 1:2978183/70‑1 (MQ=255) cAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCt < 1:3207533/70‑1 (MQ=255) cAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCt < 1:2234433/70‑1 (MQ=255) cAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGAATGTTAAACCt < 1:94000/70‑1 (MQ=255) gTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTaa < 1:3043646/64‑1 (MQ=255) aTCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGt < 1:1311258/59‑1 (MQ=255) tcggtcggGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGAATGTTAAACCTAACGTc > 1:3243061/1‑71 (MQ=255) gtcggGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGAATGTTAAACCTAACGTccc < 1:1020707/70‑1 (MQ=255) tcggGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCt < 1:3724774/71‑1 (MQ=255) gggCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTgg < 1:3166275/71‑1 (MQ=255) gggCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTg < 1:4097779/70‑1 (MQ=255) ggCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACg < 1:3675396/62‑1 (MQ=255) gATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTc > 1:3966608/1‑71 (MQ=255) gATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTc < 1:2356104/71‑1 (MQ=255) gATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGGCCCCTGGGTTc < 1:2590359/71‑1 (MQ=255) aTTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTc > 1:3203049/1‑70 (MQ=255) aTTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCg < 1:2843026/71‑1 (MQ=255) aTTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCg < 1:1627465/71‑1 (MQ=255) aTTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGAATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCg < 1:3537885/71‑1 (MQ=255) ttATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGa > 1:631865/1‑70 (MQ=255) ttATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGAc > 1:846656/1‑71 (MQ=255) ttATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGAc > 1:1722055/1‑71 (MQ=255) ttATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGAc > 1:3825074/1‑71 (MQ=255) aTGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTaaa > 1:3036610/1‑47 (MQ=255) tGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTc < 1:719066/65‑1 (MQ=255) tGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTc < 1:2482000/65‑1 (MQ=255) tGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCg > 1:1499196/1‑71 (MQ=255) cAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGccc > 1:89052/1‑70 (MQ=255) gagCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAAc < 1:1046128/71‑1 (MQ=255) gagCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAAc < 1:1050975/71‑1 (MQ=255) agCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAAcg > 1:3727504/1‑71 (MQ=255) gCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAAcgc < 1:3451016/71‑1 (MQ=255) gACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCt > 1:344331/1‑40 (MQ=255) gACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCt > 1:1045272/1‑40 (MQ=255) gACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCt > 1:2720854/1‑40 (MQ=255) cTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTc > 1:603782/1‑67 (MQ=255) cTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTc > 1:995661/1‑67 (MQ=255) tCAAGCCTTATTCCGAATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTc > 1:2773287/1‑61 (MQ=255) tCAAGCCTTATTCCGAATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCtt > 1:3375358/1‑71 (MQ=255) cAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCg > 1:2522192/1‑63 (MQ=255) aaGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCtt < 1:4074175/69‑1 (MQ=255) aaGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCtt < 1:1393522/69‑1 (MQ=255) aGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTgc < 1:3296672/71‑1 (MQ=255) gCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTc > 1:1336440/1‑44 (MQ=255) gCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTgcg > 1:3958968/1‑71 (MQ=255) gCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTgcg > 1:986756/1‑71 (MQ=255) ccTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTggg < 1:415054/35‑1 (MQ=255) ttATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCt < 1:2279682/70‑1 (MQ=255) ttATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTg > 1:1029411/1‑71 (MQ=255) aTTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGa > 1:2507304/1‑71 (MQ=255) ccGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATa > 1:81083/1‑70 (MQ=255) cGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGc < 1:679021/37‑1 (MQ=255) ggATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGTTGGATa < 1:530998/68‑1 (MQ=255) ggATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATa < 1:3414347/68‑1 (MQ=255) gATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGt > 1:645499/1‑71 (MQ=255) | TCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGT > minE/1049617‑1049754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |