| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,171,017 | T→A | 21.5% | L319Q (CTG→CAG) | gdhA → | glutamate dehydrogenase, NADP‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,171,017 | 0 | T | A | 21.5% | 174.4 / 43.1 | 79 | L319Q (CTG→CAG) | gdhA | glutamate dehydrogenase, NADP‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/34); new base A (9/8); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAAGAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTAAAGC > minE/1170952‑1171086 | cAAAGAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCTGTTGATATCGCCCTGCCtt < 1:3079357/71‑1 (MQ=255) aatgAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGc < 1:2939577/64‑1 (MQ=255) aaaGAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTg > 1:2648538/1‑71 (MQ=255) aaGAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCt < 1:1359397/64‑1 (MQ=255) aGAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCt > 1:1386042/1‑67 (MQ=255) gAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTgcgc > 1:2446213/1‑71 (MQ=255) aTTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCtt < 1:1812310/65‑1 (MQ=255) gtctggtctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCa < 1:1941845/70‑1 (MQ=255) tctggtctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTg < 1:2955383/60‑1 (MQ=255) tctggtctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTg < 1:865256/60‑1 (MQ=255) tggtctATCTCGAAGGCCAACATCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAAt > 1:2095489/1‑71 (MQ=255) gtctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATg > 1:3414626/1‑70 (MQ=255) gtctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATg > 1:3839327/1‑70 (MQ=255) tctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATg < 1:1428798/69‑1 (MQ=255) tctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATg < 1:3211522/69‑1 (MQ=255) tctATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATg < 1:3418299/69‑1 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTTGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAAc < 1:627534/68‑1 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAg < 1:773538/61‑1 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAg < 1:3517628/61‑1 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAAc < 1:944944/68‑1 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAAc < 1:989518/68‑1 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTg > 1:2128520/1‑70 (MQ=255) tctcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTg < 1:991363/70‑1 (MQ=255) tcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCt < 1:673615/43‑1 (MQ=255) tcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGa > 1:189090/1‑70 (MQ=255) tcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGa > 1:85337/1‑70 (MQ=255) tcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGa > 1:1780926/1‑70 (MQ=255) tcGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGAt > 1:3593000/1‑71 (MQ=255) cGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATg > 1:610887/1‑71 (MQ=255) 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aaGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGtt < 1:18913/71‑1 (MQ=255) aaGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGtt > 1:3448804/1‑71 (MQ=255) ccAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGAcg > 1:1608211/1‑71 (MQ=255) ccAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGAcg > 1:3825522/1‑71 (MQ=255) cAACAGCCGTTGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAg < 1:247218/51‑1 (MQ=255) cAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAg < 1:267915/51‑1 (MQ=255) cAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAg < 1:877439/51‑1 (MQ=255) aCAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATGaa < 1:258589/55‑1 (MQ=255) aCAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATGaa < 1:3554969/55‑1 (MQ=255) aCAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGAcgccg > 1:2007600/1‑71 (MQ=255) cAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGAcgcc > 1:1521032/1‑69 (MQ=255) 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tACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGa < 1:2423704/40‑1 (MQ=255) tACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGa < 1:1286192/40‑1 (MQ=255) tACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGAcgc < 1:272044/55‑1 (MQ=255) tACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATc > 1:2882535/1‑71 (MQ=255) tACCGGTTGATATCGCCCAGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGAGGCCGCGCATCAGCTTATc > 1:1247188/1‑71 (MQ=255) aCCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGaa > 1:846851/1‑36 (MQ=255) cGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGaa > 1:1793352/1‑38 (MQ=255) cGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGc > 1:1745828/1‑70 (MQ=255) cGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGc > 1:1037415/1‑70 (MQ=255) cGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCt < 1:3725431/71‑1 (MQ=255) cGGTTGATATCGCCCTGCATTGCGCCACCAAGAATGaa > 1:244466/1‑38 (MQ=37) gTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGtt < 1:1033441/45‑1 (MQ=255) tGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATg > 1:456429/1‑71 (MQ=255) atatCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGc > 1:1974044/1‑71 (MQ=255) tatCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCg < 1:3215695/71‑1 (MQ=255) gCCCTGCCTTGCGCTACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTa < 1:1192442/70‑1 (MQ=255) gCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTaa < 1:306626/71‑1 (MQ=255) gCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTa < 1:2101030/70‑1 (MQ=255) cccTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTaaa < 1:3035741/71‑1 (MQ=255) cTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTAAAGc > 1:3069135/1‑71 (MQ=255) | CAAAGAATTTGGTCTGGTCTATCTCGAAGGCCAACAGCCGTGGTCTCTACCGGTTGATATCGCCCTGCCTTGCGCCACCCAGAATGAACTGGATGTTGACGCCGCGCATCAGCTTATCGCTAATGGCGTTAAAGC > minE/1170952‑1171086 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |