| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,208,527 | G→A | 8.7% | M242I (ATG→ATA) | manZ → | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,208,527 | 0 | G | A | 8.7% | 285.4 / 13.0 | 92 | M242I (ATG→ATA) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/41); new base A (2/6); total (44/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTG > minE/1208461‑1208596 | tcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg > 1:832475/1‑71 (MQ=255) gCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg < 1:176100/69‑1 (MQ=255) gCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg < 1:535464/69‑1 (MQ=255) aTTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCt < 1:1816768/71‑1 (MQ=255) ttACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATACCAg < 1:2293175/66‑1 (MQ=255) aCTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGcc > 1:2608091/1‑67 (MQ=255) aCTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTgg > 1:1200816/1‑70 (MQ=255) aCTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTgg > 1:3609416/1‑70 (MQ=255) aCTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTgg > 1:1485915/1‑70 (MQ=255) ccAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAc < 1:1256053/71‑1 (MQ=255) ccAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAc < 1:3910482/71‑1 (MQ=255) cAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAct > 1:4010112/1‑71 (MQ=255) aGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCActg < 1:2456617/71‑1 (MQ=255) gACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgc > 1:1364236/1‑71 (MQ=255) gACGGGAAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCActgc > 1:9422/1‑71 (MQ=255) aCGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:3588642/1‑71 (MQ=255) gggCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgc > 1:3177091/1‑71 (MQ=255) ggCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgct < 1:3197628/71‑1 (MQ=255) ggCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctg < 1:1011791/69‑1 (MQ=255) gCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGGCAGGCCTGGTACCActgctgctg < 1:3549365/71‑1 (MQ=255) gCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGtcc > 1:1048927/1‑58 (MQ=255) gCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgct > 1:3234282/1‑70 (MQ=255) gCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgct > 1:2086268/1‑70 (MQ=255) aaaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgc > 1:498605/1‑64 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGc < 1:3368362/45‑1 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:2144876/1‑64 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:569150/1‑64 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:475696/1‑64 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:2029347/1‑64 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:2865896/1‑64 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGAcc < 1:1492646/71‑1 (MQ=255) aaGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGGTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGAcc < 1:3916241/71‑1 (MQ=255) aaGAACAAGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 1:1744106/1‑64 (MQ=255) aGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGAcat > 1:753916/1‑69 (MQ=255) gAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCa > 1:2993595/1‑45 (MQ=255) aaCACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGt > 1:2023141/1‑52 (MQ=255) acacGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTg > 1:654048/1‑71 (MQ=255) cacGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc > 1:4032641/1‑71 (MQ=255) cacGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc > 1:422832/1‑71 (MQ=255) cacGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc < 1:45393/71‑1 (MQ=255) gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg > 1:3202212/1‑71 (MQ=255) gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg < 1:2805827/71‑1 (MQ=255) gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg < 1:1795683/71‑1 (MQ=255) gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg < 1:3134376/71‑1 (MQ=255) ttAGTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGt < 1:95745/71‑1 (MQ=255) ttACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGt < 1:43105/71‑1 (MQ=255) tactacTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 1:1631160/1‑71 (MQ=255) tactacTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 1:15849/1‑71 (MQ=255) actactGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAt > 1:3715605/1‑71 (MQ=255) actactGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAt > 1:2718360/1‑71 (MQ=255) ctGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 1:3119355/69‑1 (MQ=255) ctGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 1:1730798/69‑1 (MQ=255) ctGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 1:2657163/69‑1 (MQ=255) ctGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 1:817289/69‑1 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCttt > 1:3541281/1‑54 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCttt > 1:1379454/1‑54 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTAc < 1:328657/70‑1 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTAc < 1:2994666/70‑1 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt > 1:4079544/1‑71 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt < 1:3702961/71‑1 (MQ=255) gACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTgc > 1:4078110/1‑71 (MQ=255) aCTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 1:2693886/1‑58 (MQ=255) ttCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg < 1:1906785/52‑1 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATTCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGTCTACTGCGCaaaa < 1:454921/70‑1 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt < 1:3102271/62‑1 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaa < 1:1272694/70‑1 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaa > 1:1172444/1‑70 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaa < 1:663756/70‑1 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaa < 1:2993835/70‑1 (MQ=255) cTGGACCAGTTAATACCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaa < 1:2118259/70‑1 (MQ=255) ttgACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt < 1:3332400/59‑1 (MQ=255) tGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTgg > 1:3796809/1‑56 (MQ=255) tGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTgg > 1:705983/1‑56 (MQ=255) tGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTgg > 1:2661979/1‑56 (MQ=255) gACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaaa < 1:2202757/68‑1 (MQ=255) gACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAg < 1:663916/70‑1 (MQ=255) gACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGt < 1:1199797/71‑1 (MQ=255) aCCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt < 1:2570925/71‑1 (MQ=255) aCCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt < 1:1835884/71‑1 (MQ=255) aCCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt < 1:3703382/71‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGCCATGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTa < 1:4115847/71‑1 (MQ=255) gTTAATGCCAGTCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTa > 1:185740/1‑52 (MQ=255) gTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTa > 1:1290309/1‑52 (MQ=255) ttAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg < 1:1997906/41‑1 (MQ=255) ttAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGc < 1:3389819/49‑1 (MQ=255) ttAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGc < 1:649576/49‑1 (MQ=255) tAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCg > 1:1158691/1‑71 (MQ=255) aaTGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGc > 1:3794050/1‑71 (MQ=255) tGCCATGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtg < 1:1546915/71‑1 (MQ=255) tGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt < 1:3272592/62‑1 (MQ=255) tGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtg < 1:811173/71‑1 (MQ=255) tGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtg < 1:3131507/71‑1 (MQ=255) | TCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTG > minE/1208461‑1208596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |