| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,418,274 | C→T | 13.1% | L128L (CTG→CTA) | rffM ← | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,418,274 | 0 | C | T | 13.1% | 323.9 / 33.4 | 114 | L128L (CTG→CTA) | rffM | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/59); new base T (6/9); total (46/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CGCCTGACGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCCTTCTTTGC > minE/2418205‑2418344 | cgcCTGACGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCa < 1:1991909/71‑1 (MQ=255) cTGACGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGtt < 1:2556500/71‑1 (MQ=255) aCGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGttt < 1:1414652/69‑1 (MQ=255) aCGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGttt < 1:1231822/69‑1 (MQ=255) aCGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTa > 1:3467140/1‑70 (MQ=255) gctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCtt > 1:1133158/1‑69 (MQ=255) gctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCtt > 1:3221414/1‑69 (MQ=255) ctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAg < 1:117050/60‑1 (MQ=255) ctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAg < 1:3260567/60‑1 (MQ=255) ctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTc < 1:2885609/69‑1 (MQ=255) ctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCa < 1:1427973/70‑1 (MQ=255) ctCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCa < 1:3262658/70‑1 (MQ=255) gggTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGttt > 1:1805379/1‑60 (MQ=255) gggTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGttt < 1:3108592/71‑1 (MQ=255) gggTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGttt > 1:2146987/1‑71 (MQ=255) gggTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGt > 1:1803985/1‑69 (MQ=255) gggTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGt < 1:2195850/69‑1 (MQ=255) tttAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGttt < 1:1626821/57‑1 (MQ=255) ttAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgcgc > 1:1419048/1‑71 (MQ=255) tAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgcgc > 1:2976809/1‑70 (MQ=255) tAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgcgc > 1:40187/1‑70 (MQ=255) aTAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCa > 1:3564150/1‑71 (MQ=255) aTAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGttt < 1:3675742/51‑1 (MQ=255) aTAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTa > 1:15607/1‑52 (MQ=255) cATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCa < 1:1604464/71‑1 (MQ=255) cATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCa < 1:2509220/71‑1 (MQ=255) cATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGAGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACtt > 1:3287332/1‑69 (MQ=255) aTCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGt < 1:3468247/43‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTgc < 1:3973518/57‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTgc < 1:2322860/57‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTgc < 1:3192784/57‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTgc < 1:1786622/57‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCtt < 1:3002189/49‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCt < 1:2310829/48‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCt < 1:2068361/48‑1 (MQ=255) tCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCACAGTTTAGCt < 1:403571/48‑1 (MQ=255) tCCTAACTGACAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTgc < 1:3815503/57‑1 (MQ=255) ccTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCt > 1:634066/1‑47 (MQ=255) ccTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCt > 1:2855728/1‑47 (MQ=255) ccTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTACCTTCAGTTTgc < 1:2635003/56‑1 (MQ=255) ccTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAg > 1:3558593/1‑45 (MQ=255) ccTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCa > 1:1238368/1‑63 (MQ=255) cTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGt < 1:4085872/70‑1 (MQ=255) cTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgc > 1:3104465/1‑55 (MQ=255) cTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgc > 1:2529130/1‑55 (MQ=255) tGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCa < 1:3302062/66‑1 (MQ=255) gACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGc < 1:2508788/43‑1 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGttt < 1:3687822/69‑1 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGttt < 1:388451/69‑1 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgcgc > 1:4119220/1‑54 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGttt < 1:780813/69‑1 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGttt < 1:3137808/69‑1 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTa < 1:548413/70‑1 (MQ=255) aCTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTAc < 1:1683715/71‑1 (MQ=255) cTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGc > 1:813477/1‑57 (MQ=255) cTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCa > 1:4061864/1‑58 (MQ=255) cTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCa > 1:3408638/1‑58 (MQ=255) cTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCa > 1:1842493/1‑58 (MQ=255) tGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCa < 1:2009574/62‑1 (MQ=255) tGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCa < 1:1694444/62‑1 (MQ=255) tGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTAcc < 1:1242874/70‑1 (MQ=255) ccAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGc < 1:2654289/70‑1 (MQ=255) ccAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGc < 1:1489708/70‑1 (MQ=255) ccAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGc < 1:3099197/70‑1 (MQ=255) cAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCAc < 1:2894560/55‑1 (MQ=255) aaCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGttt < 1:202364/44‑1 (MQ=255) aaCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGccc > 1:3684151/1‑70 (MQ=255) aCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGc > 1:1707472/1‑35 (MQ=255) aCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGc > 1:3197569/1‑35 (MQ=255) aCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGc > 1:2123070/1‑35 (MQ=255) aCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTgcg > 1:247989/1‑46 (MQ=255) aCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACtt > 1:3963614/1‑55 (MQ=255) aCGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCcac < 1:3948032/71‑1 (MQ=255) cGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCtt < 1:1686779/36‑1 (MQ=255) gATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCcac > 1:346582/1‑69 (MQ=255) gATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACaa < 1:2131441/71‑1 (MQ=255) ttCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGaaa < 1:1046343/71‑1 (MQ=255) tCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGaaa < 1:1434244/70‑1 (MQ=255) cataTTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAAt < 1:1863719/67‑1 (MQ=255) acaTTCCACTGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATa > 1:3943287/1‑70 (MQ=255) acaTTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGt > 1:635361/1‑51 (MQ=255) acaTTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGt > 1:1410165/1‑51 (MQ=255) acaTTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATa > 1:1224340/1‑70 (MQ=255) aTTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAgg < 1:1678320/48‑1 (MQ=255) aTTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCg < 1:652425/71‑1 (MQ=255) ttCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAgg < 1:2013164/47‑1 (MQ=255) ttCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGaaa < 1:697429/65‑1 (MQ=255) aCTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTc < 1:1117768/71‑1 (MQ=255) cTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGt < 1:2136794/43‑1 (MQ=255) cTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGt < 1:2266706/43‑1 (MQ=255) tGGTTGCGTAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGaaa > 1:3997450/1‑59 (MQ=255) ggTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGtt > 1:4093841/1‑42 (MQ=255) ttGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGaaa < 1:2258474/56‑1 (MQ=255) gcgcAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAg > 1:891969/1‑35 (MQ=255) gcgcAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAg > 1:465253/1‑35 (MQ=255) gcgcAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCcttct < 1:583613/70‑1 (MQ=255) cgcAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCCTTCttt < 1:1232750/71‑1 (MQ=255) cgcAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCCTTCttt < 1:3890366/71‑1 (MQ=255) gcAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCCTTCTTTg > 1:3830286/1‑71 (MQ=255) cAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCCTTCTTTGc < 1:1036371/71‑1 (MQ=255) | CGCCTGACGCTGCTCGGGTTTAAAATAACCATCCTGACTGCCAACGATATTCACATTCCACTGGTTGCGCAGTTTAGCTTCAGTTTGCGCCAGCACTTCAGGTTTACCGCCCACAAGAAATACCGGCGTCCCTTCTTTGC > minE/2418205‑2418344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |