| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,648,029 | A→G | 6.7% | N146S (AAC→AGC) | glgB → | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,648,029 | 0 | A | G | 6.7% | 200.9 / 6.7 | 74 | N146S (AAC→AGC) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/27); new base G (2/3); total (44/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
GAAACCTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGATGCGCCTGCG > minE/2647959‑2648098 | gAAACCTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCaaa > 1:1095587/1‑71 (MQ=255) aaaCCTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCaaa < 1:436532/70‑1 (MQ=255) aaaCCTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCaaa > 1:2465893/1‑70 (MQ=255) ccTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGcc > 1:499159/1‑71 (MQ=255) ccTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGcc > 1:153331/1‑71 (MQ=255) ccTTAGGCGCGCATGCAGATAATATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGcc > 1:175140/1‑71 (MQ=255) cTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGccc > 1:2274733/1‑71 (MQ=255) cTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGccc > 1:260570/1‑71 (MQ=255) ttAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCg > 1:2727795/1‑71 (MQ=255) aGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCg < 1:3195006/69‑1 (MQ=255) ggCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTc < 1:690625/70‑1 (MQ=255) ggCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTc < 1:2639615/70‑1 (MQ=255) gcgcgcATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCgg < 1:1541326/71‑1 (MQ=255) gcgcATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGt > 1:2211251/1‑71 (MQ=255) cATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCaaa > 1:645588/1‑56 (MQ=255) cATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCaaa > 1:1036973/1‑56 (MQ=255) cATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCGCCAAACGCCCGTCGGGtctc < 1:182999/71‑1 (MQ=255) aTGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCg > 1:2720156/1‑71 (MQ=255) tGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCgg > 1:3023090/1‑71 (MQ=255) gCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCg > 1:904498/1‑62 (MQ=255) gCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCg > 1:2439033/1‑62 (MQ=255) cAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCggtg > 1:3572221/1‑71 (MQ=255) gATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCggtggt < 1:1582000/71‑1 (MQ=255) gATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCggtggt < 1:473077/71‑1 (MQ=255) aTACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGtt > 1:565645/1‑71 (MQ=255) tACTATGGCTGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCggtgg < 1:511653/68‑1 (MQ=255) tACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTc > 1:1442797/1‑56 (MQ=255) tACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTg > 1:2211267/1‑71 (MQ=255) aCTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTgg > 1:122316/1‑71 (MQ=255) tggatggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGc < 1:3746443/69‑1 (MQ=255) ggatggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAAt > 1:731111/1‑71 (MQ=255) atggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:426267/71‑1 (MQ=255) atggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:2476049/71‑1 (MQ=255) atggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:82985/71‑1 (MQ=255) atggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:3002123/71‑1 (MQ=255) tggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc > 1:1661710/1‑70 (MQ=255) tggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCa < 1:65369/71‑1 (MQ=255) ggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCaa > 1:101230/1‑71 (MQ=255) ggCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCaa > 1:2357527/1‑71 (MQ=255) gCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTg > 1:2591008/1‑60 (MQ=255) gCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCaa > 1:2901326/1‑70 (MQ=255) gCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCCac > 1:3931916/1‑71 (MQ=255) cGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCgg > 1:846904/1‑46 (MQ=255) cGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCg > 1:2212559/1‑45 (MQ=255) cGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAac > 1:103429/1‑70 (MQ=255) tCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAGCGCCCGTCGGGTCTCggtgg < 1:1077712/54‑1 (MQ=255) tCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAGCGCCCGTCGGGTCTCggtgg < 1:2693223/54‑1 (MQ=255) tCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCa < 1:3204137/66‑1 (MQ=255) acaGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAGCGCCCGTCGGGTCTCGGTGGtt > 1:3012165/1‑54 (MQ=255) acaGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAacta > 1:758329/1‑68 (MQ=255) acaGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTg > 1:2397760/1‑71 (MQ=255) acaGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTg > 1:2904943/1‑71 (MQ=255) caGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTgg < 1:3737364/71‑1 (MQ=255) aGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAGCGCCCGTAGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTAATgg > 1:856176/1‑70 (MQ=255) gTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGa > 1:1900404/1‑70 (MQ=255) aCGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAAt > 1:1948179/1‑55 (MQ=255) aCGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc > 1:2444547/1‑57 (MQ=255) aCGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACgg > 1:1557991/1‑71 (MQ=255) cgTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCg < 1:1635124/71‑1 (MQ=255) cgTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCg < 1:4021171/71‑1 (MQ=255) tctcTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCtgtg > 1:1501970/1‑38 (MQ=255) tctcTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCggt < 1:2859037/37‑1 (MQ=255) tctcTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCg < 1:676521/70‑1 (MQ=255) tctcTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGt > 1:1707348/1‑71 (MQ=255) tctcTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGt > 1:2900738/1‑71 (MQ=255) ctctGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGt > 1:2701064/1‑70 (MQ=255) tctgtctgGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCggt < 1:1098010/35‑1 (MQ=255) tgtctgGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCAcc > 1:2374616/1‑71 (MQ=255) gtctgGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCAccc > 1:410254/1‑71 (MQ=255) tctgGGCTCCAAGCGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACg < 1:470695/57‑1 (MQ=255) tctgGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCAccc < 1:1959413/70‑1 (MQ=255) tctgGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCg < 1:2664534/71‑1 (MQ=255) tgGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGAt > 1:734187/1‑71 (MQ=255) ggCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGATgc > 1:42417/1‑71 (MQ=255) cTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGATgcgc < 1:3655736/71‑1 (MQ=255) ccAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGATGCGCCt > 1:2630779/1‑71 (MQ=255) cAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:2838654/35‑1 (MQ=255) cAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:2833787/35‑1 (MQ=255) cAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTc < 1:2705047/35‑1 (MQ=255) aaCGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGATGCGCCTGCg > 1:2938488/1‑71 (MQ=255) | GAAACCTTAGGCGCGCATGCAGATACTATGGATGGCGTCACAGGTACGCGTTTCTCTGTCTGGGCTCCAAACGCCCGTCGGGTCTCGGTGGTTGGGCAATTCAACTACTGGGACGGTCGCCGTCACCCGATGCGCCTGCG > minE/2647959‑2648098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |