Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,358,0160CA46.7% 160.0 / inf 796noncoding (81/120 nt)rrfA5S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/424);  new base A (0/372);  total (0/796)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 796 total aligned reads displayed.

CCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCT  >  minE/2357980‑2358031
                                    |               
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGGATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:636875/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCGACACTACCATCGGCGCt  <  1:836011/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:474563/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:331919/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:778717/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:762102/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:360852/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:369606/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:380282/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:397266/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:403579/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:736054/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:420533/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:42782/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:72924/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:454203/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:714164/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:306693/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:700675/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:495013/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:541439/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:554505/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:564586/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:574503/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:667987/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:604732/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:612432/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:620640/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:630579/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:647067/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:658274/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:129387/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:1001492/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:985399/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:973105/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:934986/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:106437/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:926872/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:1092917/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:900862/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:1119433/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:1132673/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:116616/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:289195/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:140860/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:868597/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:170235/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:854320/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:212449/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:224439/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:826079/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:251144/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:822013/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:279870/52‑1 (MQ=35)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:802935/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:100850/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:792596/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:959722/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:943819/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:786357/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:812064/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:917854/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:907930/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:67893/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:688339/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:846175/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:878764/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:52474/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1020468/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1031486/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1053724/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1059626/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1066779/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1077081/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1084692/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:150860/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:160201/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:196545/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:202735/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:235701/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:261815/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:295256/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:316685/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:32536/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:339426/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:586811/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:505417/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:34626/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:463176/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:274884/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:413325/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:438455/52‑1 (MQ=255)
ccTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCCGCGCt  <  1:752890/52‑1 (MQ=11)
 cTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1102458/51‑1 (MQ=255)
 cTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:483595/51‑1 (MQ=255)
 cTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:1044426/51‑1 (MQ=255)
 cTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:767308/51‑1 (MQ=255)
   ggCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCAAACTACCATCGGCGCt  <  1:178911/49‑1 (MQ=255)
              aCTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:967477/38‑1 (MQ=40)
                tctcGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCt  <  1:99457/36‑1 (MQ=40)
                                    |               
CCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGAGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCT  >  minE/2357980‑2358031

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑