Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,421,322 T→C L338L (TTA→TTG)  wzxE ← O‑antigen translocase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,421,3220TC99.7% 2250.5 / ‑5.1 763L338L (TTA→TTG) wzxEO‑antigen translocase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base C (0/761);  minor base A (0/2);  total (0/763)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01

Only 100 of 763 total aligned reads displayed.

CGATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACTAACTGCCAGG  >  minE/2421270‑2421332
                                                    |          
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                                                    |          
CGATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACTAACTGCCAGG  >  minE/2421270‑2421332

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑