Predicted mutation
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RA	minE	1,720,956	G→T	H178Q (CAC→CAA)	yfhA ←	predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,720,956	0	G	T	87.9%	136.0 / 18.0	58	H178Q (CAC→CAA)	yfhA	predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/7);  new base T (51/0);  total (51/7)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-09
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01

TGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGC  >  minE/1720905‑1720970                                                    |               tGCGCCACAGTTAATAGCAATGAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:557234/1‑62 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTgg             >  1:1749517/1‑55 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGcc       >  1:340503/1‑61 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGcat      >  1:257031/1‑60 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:36670/1‑62 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1015737/1‑62 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:212757/1‑62 (MQ=255) tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:229606/1‑62 (MQ=255) 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                                                   |               TGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGC  >  minE/1720905‑1720970

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑