| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 148,761 | C→A | C639* (TGC→TGA) | hrpB → | predicted ATP‑dependent helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 148,761 | 0 | C | A | 97.9% | 446.8 / 2.2 | 143 | C639* (TGC→TGA) | hrpB | predicted ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (140/0); total (143/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TTGTTATGCGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGTTT > minE/148753‑148814 | ttGTTATGCGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1768532/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGCGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1119760/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGAc > 1:1032610/1‑36 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGc > 1:319482/1‑40 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTtgatgatg > 1:781713/1‑55 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTtgatga > 1:1569091/1‑53 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTtgatg > 1:1368078/1‑52 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTtgatg > 1:323556/1‑52 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAg > 1:132714/1‑59 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:342144/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:293468/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:317533/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:32302/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:250789/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:395377/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:404480/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:448870/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:290303/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:285913/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:494235/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:246857/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:225189/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:197844/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1874820/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1871942/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1871129/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:182961/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1814047/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1798505/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:659362/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:914541/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:904997/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:849048/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:846977/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:816856/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:769623/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:761617/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:720136/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:705275/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:69106/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:686134/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:45539/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:651142/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:646021/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:610274/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:607302/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:577846/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:555556/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:537389/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:528651/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:507828/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1779835/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1172976/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1786248/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1361014/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1345193/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1343775/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:132846/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1298049/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1276966/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1246808/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1219645/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1191958/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1180271/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1363232/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:115497/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1153246/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1131442/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1123203/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1119404/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:111575/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1076408/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1069577/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:104610/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1018/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1011209/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1645059/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1785849/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1004141/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1757753/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:173579/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:172595/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:172371/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1711292/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1704058/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1664766/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1627261/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:161321/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1610040/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1569927/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1549263/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1548020/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1492372/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1488724/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1465936/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1465511/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1455687/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCACCGGTtgatgat > 1:7987/1‑54 (MQ=255)ttGTTATGAGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGACAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:1758664/1‑62 (MQ=255)ttGTTATGACCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGttt > 1:483069/1‑62 (MQ=255) | TTGTTATGCGCCGCAAAGTGGTTGCCGGAATATGACTGGCCAGCGGTTGATGATGAAAGTTT > minE/148753‑148814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |