| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,943,034 | A→C | V565V (GTT→GTG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,943,034 | 0 | A | C | 99.6% | 931.7 / NA | 235 | V565V (GTT→GTG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (234/0); total (235/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
CGGTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGA > minE/2943028‑2943090 | cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTg > 1:281199/1‑55 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:965164/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:438852/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:1588025/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:50690/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:1386657/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:1802472/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:824377/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAAc > 1:1767918/1‑61 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:395258/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:328926/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:427002/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:457983/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:490667/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:518714/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:521069/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:531087/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:385765/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:374594/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:557086/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:327825/1‑62 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(MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:8887/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:872026/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:869728/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:847117/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:81565/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:797490/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:788421/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:784536/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:547808/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:748623/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:740380/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:72232/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:713502/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:687845/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:641306/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:618177/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:609072/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:588774/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:570590/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:1859500/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:1246502/1‑62 (MQ=255)cGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACg > 1:1893726/1‑62 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |