| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,763,556 | 0 | T | C | 51.3% | ‑1.4 / 174.8 | 117 | noncoding (288/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/37); new base C (11/49); total (31/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGG > minE/1763502‑1763623 | ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:3989165/70‑1 (MQ=14)ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:3050573/70‑1 (MQ=14)ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:2086299/70‑1 (MQ=14)ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:2027441/70‑1 (MQ=14)ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:1703884/70‑1 (MQ=14)ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg < 1:4260170/71‑1 (MQ=17)ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg < 1:4750009/71‑1 (MQ=17) aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 1:2700721/71‑1 (MQ=34) aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 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> 1:1588333/1‑70 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:4139508/1‑70 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:4220991/1‑70 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:2070195/1‑70 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:2675008/1‑70 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:697721/1‑70 (MQ=35) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATGCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGGGAGCCGt < 1:3877680/61‑1 (MQ=11) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGATCCGTTACCccacc < 1:3542744/70‑1 (MQ=25) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc < 1:3940821/70‑1 (MQ=35) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc < 1:1699637/70‑1 (MQ=35) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc < 1:2373558/70‑1 (MQ=35) 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(MQ=11) ggTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:357544/46‑1 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg > 1:84103/1‑71 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg > 1:1779672/1‑71 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg < 1:527622/70‑1 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg < 1:446688/70‑1 (MQ=255) ctctCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGca > 1:1814930/1‑71 (MQ=255) tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcac < 1:96548/69‑1 (MQ=255) tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcac < 1:2147622/69‑1 (MQ=255) cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc > 1:1543065/1‑44 (MQ=255) cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:632780/1‑71 (MQ=255) cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 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ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGa < 1:1827271/70‑1 (MQ=255) ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGa < 1:152033/70‑1 (MQ=255) ccagccagGGATAGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGa < 1:1935913/70‑1 (MQ=255) aGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATgg < 1:1274318/71‑1 (MQ=255) aGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATgg < 1:1574070/71‑1 (MQ=255) aGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATgg < 1:4272066/71‑1 (MQ=255) aGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATgg < 1:3493018/71‑1 (MQ=255) aGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATgg < 1:3703968/71‑1 (MQ=255) | GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGG > minE/1763502‑1763623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |