| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,181,279 | G→T | 11.9% | R12L (CGT→CTT) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,181,279 | 0 | G | T | 11.9% | 924.1 / 91.6 | 278 | R12L (CGT→CTT) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (129/116); new base T (17/16); total (146/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCT > NC_000913/4181133‑4181428 | aGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAg > 1:2329332/1‑150 (MQ=255) aCAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACGGAGAAAAAACGTTTTCGTAAGGAtt > 1:3153925/1‑150 (MQ=255) aCAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCTTAAGGAtt > 2:2122224/1‑150 (MQ=255) 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gagaAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTa > 2:3235987/1‑150 (MQ=255) gaAAAAACGTATTCTTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTAtt > 2:1623505/1‑150 (MQ=255) gTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTc < 1:1869061/150‑1 (MQ=255) gTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTc < 1:3650168/150‑1 (MQ=255) tATTCTTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCa < 1:2122224/150‑1 (MQ=255) 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gTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCt > 1:327670/1‑150 (MQ=255) | TAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCT > NC_000913/4181133‑4181428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |