| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,967,706 | T→A | 6.0% | intergenic (+30/‑210) | rho → / → wecA | transcription termination factor/UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,967,706 | 0 | T | A | 6.0% | 467.3 / 15.0 | 134 | intergenic (+30/‑210) | rho/wecA | transcription termination factor/UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/63); new base A (2/6); total (65/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCT > NC_000913/3967559‑3967855 | gATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTa > 1:1023847/1‑150 (MQ=255)gATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTa > 2:1151851/1‑150 (MQ=255) tCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACg > 2:1227409/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTTTGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGt < 2:894694/150‑1 (MQ=255) cTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAACTCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATGTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTg > 2:1011814/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTg > 1:1283038/1‑150 (MQ=255) tGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAATCGCCACGTGTTTACGTgg > 2:2533315/1‑150 (MQ=255) cgcAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCg < 2:1884415/150‑1 (MQ=255) aaaTCATTCACCCGATGGGCTAAATCGATGCAATGGAATTCCTAATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACTATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGtttt < 1:2095880/150‑1 (MQ=255) aaaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGTAATTCCTCATTAATAACCTGGCAATGACCAAGACCAAGGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGtttt < 1:2095873/150‑1 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTg > 2:1699691/1‑150 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGttttt < 2:2281110/150‑2 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGAGTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGttttt < 2:2281102/150‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |