| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,904,212 | G→A | intergenic (+838/+535) | ygcE → / ← queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,904,212 | 0 | G | A | 93.0% | 298.1 / 12.4 | 101 | intergenic (+838/+535) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/4); new base A (59/34); total (62/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAT > NC_000913/2904075‑2904348 | cgTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTAGTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACGGGCGCACTGAATACAAAGCCGTGTAGCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGacg > 2:831043/2‑140 (MQ=255) aTCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGATTTCGCAAATCTAGGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCgggg < 1:1230903/140‑1 (MQ=255) gCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACt > 1:1738402/1‑140 (MQ=255) gCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACt < 2:1586546/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTg > 1:957968/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTg > 1:1098267/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTg > 1:1532571/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTg > 1:1452441/1‑140 (MQ=255) tGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTgg < 1:727445/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTgg < 2:381620/140‑1 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< 1:1341787/140‑1 (MQ=255) ccTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAAcagcag < 1:73082/140‑1 (MQ=255) ttCGCAAATCTATGGACTATTGCTCTTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGACCACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCa > 2:1062912/1‑140 (MQ=255) ttCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCgg < 1:1065675/110‑1 (MQ=255) ttCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCgg > 2:1065675/1‑110 (MQ=255) tCTATGGACTATTGTTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACg < 2:481558/140‑1 (MQ=255) tCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACg < 2:481661/140‑1 (MQ=255) cTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGt < 2:1611305/140‑1 (MQ=255) tGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCgg > 1:124519/1‑140 (MQ=255) ggACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGt < 1:1212124/140‑1 (MQ=255) ggACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGt < 1:1212073/140‑1 (MQ=255) ggACTATAGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGt < 1:784104/140‑1 (MQ=255) ttGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATcc > 1:1215291/1‑140 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(MQ=255) cTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAt > 1:210483/1‑140 (MQ=255) cTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAt > 1:320230/1‑140 (MQ=255) cTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCACTGGCGCGGGGAACACAt > 1:970747/1‑140 (MQ=255) | GGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAT > NC_000913/2904075‑2904348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |