| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 429,862 | G→A | 5.2% | E120K (GAA→AAA) | secF → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 429,862 | 0 | G | A | 5.2% | 539.9 / 11.7 | 153 | E120K (GAA→AAA) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/85); new base A (4/4); total (64/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGAC > NC_000913/429714‑430009 | aaTGCGTGATGCATTGCAAACAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGa < 2:1471269/150‑1 (MQ=255) aTGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGaa > 2:164141/1‑150 (MQ=255) aTGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGaa < 2:450742/150‑1 (MQ=255) aTGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGaa > 2:568982/1‑150 (MQ=255) tGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAAt < 1:1504817/150‑1 (MQ=255) aTGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATccacca > 1:754014/1‑150 (MQ=255) gCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCTTGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAAt < 1:1557061/150‑1 (MQ=255) gCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAAt < 2:768262/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |