| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,145,781 | G→A | 7.8% | R839Q (CGG→CAG) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,145,781 | 0 | G | A | 7.8% | 510.3 / 21.6 | 153 | R839Q (CGG→CAG) | yegE | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/67); new base A (6/6); total (80/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAAT > NC_000913/2145633‑2145929 | taCTATCACTTTATATGGGTAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGTCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTggccggggccgg < 1:390758/149‑1 (MQ=255) aCTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGgccggggccggg > 2:612381/1‑150 (MQ=255) aCTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGgccggggccggg > 1:1651661/1‑150 (MQ=255) 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tGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGc > 1:1196769/1‑150 (MQ=255) gATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGcc > 1:1231761/1‑150 (MQ=255) aTGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCtt > 1:2611477/1‑150 (MQ=255) tCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCGCCa < 2:337974/150‑1 (MQ=255) tCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCGCCa > 2:2483848/1‑150 (MQ=255) 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ggccggggccggGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCGCCACGGATCCCGGaa < 2:2181880/150‑1 (MQ=255) cgggTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAAt < 2:897519/150‑1 (MQ=255) | GACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAAT > NC_000913/2145633‑2145929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |