| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,538,698 | G→A | 5.3% | H296Y (CAT→TAT) | cysM ← | cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,538,698 | 0 | G | A | 5.3% | 649.2 / 15.0 | 186 | H296Y (CAT→TAT) | cysM | cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/90); new base A (5/5); total (91/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
AAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGC > NC_000913/2538549‑2538846 | aaaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATg < 2:429583/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc > 1:973808/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc > 1:343938/1‑150 (MQ=255) 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tGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATAtt < 2:1481641/150‑1 (MQ=255) tGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATAtt > 2:1299543/1‑150 (MQ=255) tGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATAtt < 2:1342690/150‑1 (MQ=255) tGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATAtt < 2:1430883/150‑1 (MQ=255) tGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATAtt < 2:2752677/150‑1 (MQ=255) 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aaaaTGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATAttccttc < 2:2586946/150‑1 (MQ=255) tGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGc > 1:885865/1‑150 (MQ=255) | AAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGC > NC_000913/2538549‑2538846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |