| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,292,474 | T→C | 5.5% | intergenic (+109/+35) | galU → / ← hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,474 | 0 | T | C | 5.5% | 577.1 / 17.3 | 184 | intergenic (+109/+35) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/82); new base C (7/3); total (99/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCA > NC_000913/1292327‑1292623 | aaaGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTgg < 2:1408369/150‑1 (MQ=255)aaaGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTgg > 1:3281251/1‑150 (MQ=255)aaaGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTgg > 2:3624790/1‑150 (MQ=255) 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tAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTTCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt > 1:2961639/1‑150 (MQ=255) ttaaaaTCCCGCCAGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTGTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGGCCAGGTGTTAGtt > 1:2877394/3‑150 (MQ=255) aataaaTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGtt > 2:1341064/4‑150 (MQ=255) aaaaTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTc > 1:2510774/1‑150 (MQ=255) aaaaTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTc > 1:1256622/1‑150 (MQ=255) aaaTCCCGCCGCTGGCGTGATTTTATTCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCg < 1:3335393/150‑1 (MQ=255) aaTCCCGCCGCTGGTGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGc < 1:2184087/150‑1 (MQ=255) aaTCCCGCCAGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGc > 1:2241191/1‑150 (MQ=255) aTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGcc > 2:16123/1‑150 (MQ=255) aTCCCGCCAGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGcc > 1:3932597/1‑150 (MQ=255) gccgcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGtttt > 2:3465323/1‑150 (MQ=255) gccgcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGtttt > 2:3321701/1‑150 (MQ=255) | AAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCA > NC_000913/1292327‑1292623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |