Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 167,291 | G→A | 5.2% | intergenic (+27/‑193) | mrcB → / → fhuA | fused glycosyl transferase and transpeptidase/ferrichrome outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 167,291 | 0 | G | A | 5.2% | 274.2 / 2.8 | 95 | intergenic (+27/‑193) | mrcB/fhuA | fused glycosyl transferase and transpeptidase/ferrichrome outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/38); new base A (3/2); total (55/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATC > NC_000913/167145‑167439 | aaTCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAg > 1:234431/1‑149 (MQ=255) aTCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGt > 1:522607/1‑149 (MQ=255) aTCAGTCTTCTCCGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCACCCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGATTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATcag > 1:1182836/1‑147 (MQ=255) aTCAGGCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCAGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCg < 2:519411/149‑1 (MQ=255) tgTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCTCAACAGCAACCTGCTCATCAAGAGCAGAAAGACAGAGACGTTGTAGCAGGTTTGATCAAGGATATGTTTGTTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCAACTCGCCATCCGGTa < 1:575709/148‑1 (MQ=255) aGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCGCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTa < 2:37810/149‑1 (MQ=255) tcttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTaaa > 1:1100408/1‑149 (MQ=255) cttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTaaaa < 1:56146/149‑1 (MQ=255) ttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAAt < 2:1020210/149‑1 (MQ=255) ctcAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCCGCCAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGAGATGTTGGGTAGGAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCTTCCGGTAATATaa > 2:246125/1‑149 (MQ=255) ctcAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATaa > 1:932431/1‑149 (MQ=255) tcAGCCGCAGCAACAGCCGCCACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGGGTAGCCGGTTGGATCATGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCGAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAAc > 1:664125/1‑149 (MQ=255) tcAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAAc > 2:1139176/1‑149 (MQ=255) aGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACAt < 2:1139048/149‑1 (MQ=255) cccGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCATCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGGAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATc < 2:799755/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATcc > 1:303917/1‑149 (MQ=255) cGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATccc > 2:427924/1‑149 (MQ=255) gcagcaACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCa > 2:388254/1‑149 (MQ=255) 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aGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGACGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACAct > 1:1021659/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCctttctt > 2:291176/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCctttctt < 1:610379/149‑1 (MQ=255) tGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCtttt < 2:554550/149‑1 (MQ=255) tcTCAGCAAGAGCAGAAAGACATCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGAAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTc < 1:1036379/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |