| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,866,487 | G→C | 5.4% | intergenic (+22/+72) | ygbN → / ← rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,866,487 | 0 | G | C | 5.4% | 248.8 / 6.5 | 92 | intergenic (+22/+72) | ygbN/rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/41); new base C (2/3); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
TGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTC > NC_000913/2866343‑2866630 | tGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCAt > 1:689146/1‑149 (MQ=255)tGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCAt > 1:142179/1‑149 (MQ=255)tGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCAt > 1:1054081/1‑149 (MQ=255) cgATGGTGACCAAATATCTGGGGGTGTCGGTATCAGACGGGCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCCGGTGTACCGGATGCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATc < 2:485579/148‑1 (MQ=255) gATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGCCCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCg > 1:1186776/1‑149 (MQ=255) tttGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCgg < 1:983439/148‑1 (MQ=255) tgtgACCAAAAATCGGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTCTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGCCCATCGGAc < 1:608226/149‑1 (MQ=255) ggtgACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTAACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGCCCATCGGAc < 2:206484/148‑1 (MQ=255) tgACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCt > 1:462369/1‑149 (MQ=255) gACCAAAGATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTATTTACCAGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGAGCtt > 2:710082/1‑149 (MQ=255) ccccaaTATGTGGGGGTGTCGGTAGCAGTCGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTCCCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCttt < 1:1118923/145‑1 (MQ=255) aCCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTGAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGCCCATCGGACCttt < 2:1024534/149‑1 (MQ=255) ccAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCtttt > 1:329366/1‑149 (MQ=255) cAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTa > 1:845924/1‑149 (MQ=255) aaTATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTAtt > 1:842974/1‑149 (MQ=255) aaTATCTGGGGTGGTCGGTAGCAGACGGTCTGCAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTATTACCGGATTCTTAATTCCCTGGGGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTAtt < 1:569492/149‑1 (MQ=255) atatGTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGGCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTTATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATtg < 2:352797/149‑1 (MQ=255) tctCTGGGGTTGTCGGTACCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATtgt < 1:1017792/147‑1 (MQ=255) tatCTGGGGGTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATtgt < 1:998691/149‑1 (MQ=255) 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gCAGACGGGCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAgtc < 1:1116136/149‑3 (MQ=255) aGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCTGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCta > 2:827189/1‑148 (MQ=255) aGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGCATTCTTAATTACAAGGTGCGTATGTGCGGAAATTTGAACATAATAAAAAGGTCCCATGGGCATCTGACCTATTATTTTGCACAGAAAAGTACACCCTc > 2:663999/1‑149 (MQ=255) gACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCg > 2:913609/1‑149 (MQ=255) ggTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCtt < 1:914707/149‑1 (MQ=255) 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tCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTga > 1:1168280/1‑149 (MQ=255) tGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTgaga > 1:1122348/1‑149 (MQ=255) gAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGAc > 2:502204/1‑149 (MQ=255) gAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGAc > 1:405424/1‑149 (MQ=255) aaaaCCTGGACAGTGGTAACGACCATTCTCGGGTTTCCCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACt < 2:656725/149‑1 (MQ=255) aaaaCCTGGAAAGGGAGAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGAGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTAAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACt < 2:653908/149‑1 (MQ=255) aaaCCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGTATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTg > 1:1053311/1‑149 (MQ=255) aCCTGGACAGTGTTAACGACCTTTCGCGGTTTTCCCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGATACTGGc < 1:646244/149‑1 (MQ=255) tGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGTCTCAAGCGAGGCTGGCCtt < 1:1023790/149‑1 (MQ=255) gggcAGGGTTAACGACCATTCTCGGCTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCttt < 2:980500/146‑1 (MQ=255) 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acaataaaaGGTCCGATGCCCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTAAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAAc > 1:209700/6‑149 (MQ=255) aaaaaGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGgcg > 2:632520/1‑149 (MQ=255) aaaGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCa < 2:142179/149‑1 (MQ=255) aGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGGAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAgg > 1:448603/1‑149 (MQ=255) ggTCCGATGCCCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGc > 2:552554/1‑149 (MQ=255) gTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTTCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGTCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTAGCGGAACAGCGCATCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGAGCAAACGGCGCGGGcc > 2:476824/1‑149 (MQ=255) cGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGGACAGCGCGTCGATATTCAGCCCCTGCGGTTGCAGGATTTCGCGCAACCGGCGCAGGCGTTc > 2:94712/1‑149 (MQ=255) cGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTc > 1:756048/1‑149 (MQ=255) | TGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTC > NC_000913/2866343‑2866630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |