| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,146,761 | T→G | 8.1% | intergenic (‑24/+95) | yghW ← / ← yghX | DUF2623 family protein/pseudogene, dienlactone hydrolase family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,146,761 | 0 | T | G | 8.1% | 190.6 / 8.2 | 85 | intergenic (‑24/+95) | yghW/yghX | DUF2623 family protein/pseudogene, dienlactone hydrolase family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/43); new base G (2/5); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
GTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATCG > NC_000913/3146615‑3146907 | gtgtGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGt > 2:445472/1‑149 (MQ=255)gtgtGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGATTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGt > 1:119732/1‑149 (MQ=255)gtggGAGTAGCCTAATACAAAACCGCTGTTATCATCGGCTCAGAATTTTGTCACATTATCCGCACGGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCTATACGCCTTTACAATAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTCTATATTgg < 2:774093/149‑2 (MQ=255) tgtgAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTc < 2:307563/149‑1 (MQ=255) gtgAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCa < 1:185829/149‑1 (MQ=255) ttAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATTCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCatata < 2:884637/148‑1 (MQ=255) tAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCatatat > 2:605777/1‑149 (MQ=255) gCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAg < 1:188464/149‑1 (MQ=255) ccTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGc < 1:382189/149‑1 (MQ=255) ccTAATACAAAAACGCGTGTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGc < 1:871961/149‑1 (MQ=255) tAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCATATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGCGa < 1:1024893/149‑1 (MQ=255) tAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCATATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGCGa < 1:1029579/149‑1 (MQ=255) aTACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGata > 1:426224/1‑149 (MQ=255) aCAAAACCGCGATTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCCCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTATGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATAtt < 2:1149270/149‑1 (MQ=255) 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ccGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGGCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGc < 2:438139/149‑1 (MQ=255) cgcgTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACAATAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCa < 2:1047757/149‑1 (MQ=255) tttATAATCGGAACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTTTCGCCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCAATTAAGACTTTAAAAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCTCTATATATTGTCATATATATCGATATTATAGGCaaaaa > 2:883486/1‑147 (MQ=255) tataATCTGCACATAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAAc < 1:288064/149‑1 (MQ=255) taATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGa < 1:868856/149‑1 (MQ=255) aaTCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGAc > 2:709564/1‑149 (MQ=255) cGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACttt > 1:736576/1‑149 (MQ=255) cGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACttt < 1:294107/149‑1 (MQ=255) ggCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACtttt < 1:393646/149‑1 (MQ=255) gCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTg > 1:379620/1‑149 (MQ=255) gCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTg > 2:36145/1‑149 (MQ=255) cacaGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTgc > 2:433039/1‑149 (MQ=255) aGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCa > 2:656076/1‑149 (MQ=255) aGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCa > 2:526770/1‑149 (MQ=255) ttttGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATAAAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCt > 2:592965/1‑149 (MQ=255) caTTAACCGCACTGTCGGCATTCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTc < 1:386334/149‑1 (MQ=255) tAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCCTTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATg < 2:968173/149‑1 (MQ=255) aaCCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGc < 2:151597/149‑1 (MQ=255) aaCCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGc < 2:778775/149‑1 (MQ=255) aCCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATATCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTTCGCACGCTATTTTTTCATGCt > 2:995560/1‑149 (MQ=255) 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tCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAg < 2:426224/149‑1 (MQ=255) gTTCACCTCATTCGATATATATTGTCATATATAGAGATATTGATGGCACAGAACGACTTTTGCGCACGCTATATTTTCATGCTTGTTTAAGCCGTAATCCCGTACGAGATAAACCTATCAGGCGAGATATTTATCGAACCATTTCAgtg < 1:989584/149‑1 (MQ=255) ttaaCCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGAGATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGAAATAGAAAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAgtgt > 2:1083670/4‑149 (MQ=255) ttCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAgtgt < 2:379620/149‑1 (MQ=255) ttCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTAGTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAgtgt > 2:510139/1‑149 (MQ=255) 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aTTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGcc > 1:526158/1‑149 (MQ=255) gCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGc > 1:664981/1‑149 (MQ=255) gCTATATATGACAATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGc > 1:458776/1‑149 (MQ=255) gCTATATATGACAATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGc > 1:157269/1‑149 (MQ=255) atatatTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTAAGTGTCCTTTGCCAGGCAAg > 2:240598/1‑149 (MQ=255) atTGTCATATATAGCGATATTTTAGGAAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCACGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATcg < 2:74614/149‑1 (MQ=255) | GTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATCG > NC_000913/3146615‑3146907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |