| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,146,762 | G→A | 8.3% | intergenic (‑25/+94) | yghW ← / ← yghX | DUF2623 family protein/pseudogene, dienlactone hydrolase family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,146,762 | 0 | G | A | 8.3% | 243.3 / 9.6 | 84 | intergenic (‑25/+94) | yghW/yghX | DUF2623 family protein/pseudogene, dienlactone hydrolase family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/42); new base A (2/5); total (37/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATCGGCG > NC_000913/3146615‑3146910 | gtgtGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGt > 2:445472/1‑149 (MQ=255)gtgtGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGATTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGt > 1:119732/1‑149 (MQ=255)gtggGAGTAGCCTAATACAAAACCGCTGTTATCATCGGCTCAGAATTTTGTCACATTATCCGCACGGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCTATACGCCTTTACAATAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTCTATATTgg < 2:774093/149‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |