| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 478,750 | C→T | 5.4% | intergenic (‑133/+31) | ylaB ← / ← ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 478,750 | 0 | C | T | 5.4% | 264.6 / 4.4 | 93 | intergenic (‑133/+31) | ylaB/ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/34); new base T (3/2); total (57/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
GTCGTGTTCTCACCAGCATATCCTTATTAACACAGTGTAGGGAAAGTATATCTGATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGGAGAGTTC > NC_000913/478605‑478898 | ggcGTGTTCTCACCAGCATATCCGTATTAACACAGTGTAGGGAAAGTATATCTGATTGGGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCaga < 2:608415/147‑1 (MQ=255) tCGTGTTCTCACCAGCATATCCTTATTAACACAGTGTAGGGAAAGTATATCTGATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCagag > 2:676273/1‑149 (MQ=255) cGTGTTCTCACCAGCATATCCTTATTAACACAGTGTAGGGAAAGTATATCTGATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTTGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGc > 1:425834/1‑149 (MQ=255) aCCAGCATATCCTTATTAACACAGTGTAGGGAAAGTATATCTGATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCt 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cccAGGCGCAGCGCTTTCCGCCTGGTATGTAACCCTAACATCAGCTGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTACAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACAcgcg < 1:768307/148‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACAcgcg > 1:467463/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACAcgcg > 1:450432/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACAcgcg > 2:429906/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGTAAAGCTCTGCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGCCGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCgg > 2:1019716/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGTAAAGCTCTGCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCgg > 1:127504/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGga < 1:254031/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGga > 1:976475/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGga > 2:106499/1‑149 (MQ=255) gcgcAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGGagag < 2:466987/149‑1 (MQ=255) cAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGGAGAGTTc < 2:731666/149‑1 (MQ=255) | GTCGTGTTCTCACCAGCATATCCTTATTAACACAGTGTAGGGAAAGTATATCTGATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTGCAGTTGTTCCTTATGAACATCCGCGACACGCGGAGAGTTC > NC_000913/478605‑478898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |