| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,357,233 | C→T | 5.4% | intergenic (‑123/+190) | sapA ← / ← ymjA | antimicrobial peptide transport ABC transporter periplasmic binding protein/DUF2543 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,357,233 | 0 | C | T | 5.4% | 201.8 / 2.4 | 75 | intergenic (‑123/+190) | sapA/ymjA | antimicrobial peptide transport ABC transporter periplasmic binding protein/DUF2543 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/33); new base T (2/2); total (40/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
GAGACGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTCGCCATCTGTTCAACATTCGTACCCGTGATTTCTCTATAACTATAACTCACAGAACAACTTAGCGAGGAGCAGAGCGGTACGATCGTGAGAAACCCATTAAAGCACGCTGCAGTGCGTGTCATTGTTAGCCAGATGCGGCGTGAACGCTT > NC_000913/1357089‑1357380 | gagaCGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTATTGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACTTCGCCATc > 1:1059438/1‑149 (MQ=255) agaCGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTGAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTCGCCATCt > 1:690155/1‑149 (MQ=255) gATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTAGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTCGCCATCTGTTc > 1:950821/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |