| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3539757 = | NA (NA) | 7 (0.020) | 3/258 | NT | NA | noncoding (12/34 nt) | REP252 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP252 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3539792 = | NA (NA) | intergenic (+86/‑371) | yhgF/feoA | putative transcriptional accessory protein/ferrous iron transporter, protein A | |||||
ACTGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3539914‑3539757‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaacgccttGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAATTATA > NC_000913/3539792‑3539940 ACTGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTG < 2:4487034/150‑1 CTGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGA > 1:2083644/1‑150 CTGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGA > 1:2923402/1‑150 CTGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGA > 1:3197977/1‑150 TGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCGGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAA > 2:3238972/1‑150 TGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCGGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAA > 2:2783889/1‑150 TGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCGGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAA > 2:3238740/1‑150 TGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCGGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAA > 2:3238795/1‑150 GGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAAC < 1:3081995/150‑1 GCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACG > 1:586776/1‑150 GCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACG > 1:586798/1‑150 GCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACG > 2:457141/1‑150 GCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAAAATTGCCGCAATATATTATGAGTTAGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGATATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACG > 2:268893/1‑150 GCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGATGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACG > 2:1671121/1‑150 CTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGC > 1:2328642/1‑150 CTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGC > 1:2328616/1‑150 CTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGC > 1:4876884/1‑150 TAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCC > 2:1887293/1‑150 TAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCC < 1:1441901/150‑1 TAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCC < 1:1119660/150‑1 TAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCC < 1:2293736/150‑1 TAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCC > 1:2874352/1‑150 AATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCT < 1:3827124/150‑1 TTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATAAGGCGTTCACGCCgcatc < 2:1624656/150‑6 TTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATAAGGCGTTCACGCCgcatc < 2:3885027/150‑6 CAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTAT > 1:870294/1‑117 CAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTAT < 2:870294/117‑1 AGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATT > 2:4091938/1‑150 AGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATT > 1:4756711/1‑150 AGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATT > 2:4091935/1‑150 AGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATT > 1:4718724/1‑150 AGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCAGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAGACATT > 1:4756710/1‑150 cgacCGCCTTGCCTGACATACAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACCGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACACCTGAAACCTTACTTAAACCGTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATT < 2:2612772/146‑1 gacCGCCGTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCACACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACAGTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTC < 2:655790/147‑1 GAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTC < 2:3435619/150‑1 GAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTC < 2:2383970/150‑1 GAACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTC < 2:655524/150‑1 AACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCG > 1:1651745/1‑150 ACGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATCTTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGA > 2:4829468/1‑150 ACGCCTTGCCTGACATAAAAGAGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTAGTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGA < 1:3494673/150‑1 CGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAA < 2:1558002/150‑1 CGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAA < 2:4639817/150‑1 CGCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCCGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAA < 2:4039118/150‑1 GCCTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAAT < 2:1919119/150‑1 CTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAATTA > 2:706740/1‑150 CTTGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAATTA > 2:707272/1‑150 TGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAATTATA < 1:438581/150‑1 ACTGGCTAATGTTTAATTAAGGTTTCAGTTGTTAATGAAATGATAAATATTGCCGGAATATATTATGAGTTTGGCTGTGGAATAAAAATGCCGGAGATATTCTCCGGCACTTTTATGTCAGGCAAGGCGTTCGTTGCCAGATGCGGCGTGAACGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3539914‑3539757‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaacgccttGCCTGACATAAAAGTGCCGGAGAATATCTCCGGCATTTTTATTCCACAGCCAAACTCATAATATATTCCGGCAATATTTATCATTTCATTAACAACTGAAACCTTAATTAAACATTAGCCAGTCCGGGTAATTCACTATTCGAATTATA > NC_000913/3539792‑3539940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |