| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,074,903 | A→C | 5.1% | intergenic (+23/+17) | rutR → / ← putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,074,903 | 0 | A | C | 5.1% | 1117.6 / 37.9 | 315 | intergenic (+23/+17) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/161); new base C (9/7); total (146/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
ACATTACGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGAACGCTCGATATACAGCCGTTCCAGAAGGATATTGCTTTCGCCACGGGCAAAACCCTGCACCGAAACAATTGTG > NC_000913/1074754‑1075052 | aCGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcctc > 2:4105424/1‑150 (MQ=255) cGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGTGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcctcc > 1:2864722/1‑150 (MQ=255) cGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGATGTTACAACCtcctcc < 1:3030435/150‑1 (MQ=255) 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aTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGAACGCTCGATATACAGCCGTTCCAGAAGGATATTGCTTTCGCCACGGGCAAAACCCTGCACCGAAACAATtgtg > 2:833985/1‑150 (MQ=255) | ACATTACGCCGATTTCGCCCCTCAGGTGGAGGCGGTGACAGGCGCGACGTTGCGCGATGAGGTATTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGAACGCTCGATATACAGCCGTTCCAGAAGGATATTGCTTTCGCCACGGGCAAAACCCTGCACCGAAACAATTGTG > NC_000913/1074754‑1075052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |