| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,141,150 | G→A | 6.4% | intergenic (+164/+32) | flgL → / ← rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,141,150 | 0 | G | A | 6.4% | 172.7 / 2.7 | 62 | intergenic (+164/+32) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/27); new base A (2/2); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
TCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTC > NC_000913/1141004‑1141289 | tCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTTGTGCGGGCATTTTTTTGCTTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGtt < 1:258477/149‑1 (MQ=255) cATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTa > 2:271786/1‑149 (MQ=255) gtaaatGGGGATGTTTTGGCGGCCTGCTCTGGGATAGCGTGGGCGGGGATTTTTTTGCCTAATTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCa < 2:333641/144‑1 (MQ=255) gAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCGGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGAAGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCa < 2:106452/149‑1 (MQ=255) aaaCTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAg < 1:817958/149‑1 (MQ=255) cttggTATGTTTTGTCAGCCTGCTCTGTGATCGCTGGTGCGGGAATTTTTATGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGCTGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGc < 2:606647/146‑1 (MQ=255) ggTTTGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGCTCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGTAACTGCCAGGGCttt < 2:960300/149‑2 (MQ=255) tATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCAGTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGAt > 1:968079/1‑149 (MQ=255) aTGTTTTGTCTGCCTGCTATGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTTCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTAAAAGATGAAATAAAAAATCCCTGGTAACTGCCAGGGCtttttt < 2:686681/149‑5 (MQ=255) 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ttGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTTCTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGaa < 2:69467/149‑1 (MQ=255) ttGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGCCCACCTGCGGCACCTTTACCTGCGaa > 2:828248/1‑149 (MQ=255) ttGATTAAAAGATGAAATAAAAAAGCCATTGCAGTTAACAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAAGAGGTTGCTGACGCGCAGGAGCGGCAGAGCCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGaa < 1:576988/149‑1 (MQ=255) tGATTCATAGATGAAATTAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGATGTATTTATTACTCAACAGGTTGCTGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCAACTGCGTGACGTTTACCTTCGAAg < 2:203867/149‑1 (MQ=255) aaaGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCaaaa < 1:265164/149‑1 (MQ=255) 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aaaaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCGTTACCTTCGCAGGCAAAAGTAGGGCGCTg > 1:947793/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTc > 2:659629/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTc > 2:195871/1‑149 (MQ=255) | TCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTC > NC_000913/1141004‑1141289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |