| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,459 | G→A | R191C (CGT→TGT) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,459 | 0 | G | A | 98.7% | 515.8 / ‑4.5 | 148 | R191C (CGT→TGT) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (70/76); total (70/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACTTTGATACG > NC_000913_3_bme_pgi/3440315‑3440603 | gACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACgctg < 3:193070/150‑1 (MQ=255) gTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt < 3:412198/150‑1 (MQ=255) cATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCaa < 3:343295/150‑1 (MQ=255) aTCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACacgc < 1:259258/141‑1 (MQ=255) aTCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACacgc > 2:259258/1‑141 (MQ=255) cACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACAt < 2:661932/150‑1 (MQ=255) aCGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACAtt < 2:1338074/150‑1 (MQ=255) cGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTg < 3:222363/150‑1 (MQ=255) tCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAgg > 2:1562018/1‑148 (MQ=255) cGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt > 1:479125/1‑132 (MQ=255) cGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt < 2:479125/132‑1 (MQ=255) gAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACg < 4:746780/150‑1 (MQ=255) aaGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCt > 1:1482381/1‑150 (MQ=255) aGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTc < 1:1171477/150‑1 (MQ=255) gCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAAc < 4:713888/131‑1 (MQ=255) tCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTc > 4:35751/1‑146 (MQ=255) tCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCcaca < 4:346135/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt < 2:1076725/123‑1 (MQ=255) ccAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt > 1:1076725/1‑123 (MQ=255) aGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAggg < 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ccAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCACTACGCTTCACAGGGCTGTAGCATg > 3:1051712/1‑150 (MQ=255) gAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGt < 3:681726/150‑1 (MQ=255) ggTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGAc < 2:1231902/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTa > 1:552459/1‑112 (MQ=255) ttGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTa < 2:552459/112‑1 (MQ=255) ttGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACca > 4:559762/1‑150 (MQ=255) tGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcag < 3:497568/150‑1 (MQ=255) ccGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCTTCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcagca < 1:114985/150‑1 (MQ=255) ccGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcagca < 4:719354/150‑1 (MQ=255) gCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGa > 1:635852/1‑150 (MQ=255) acgacgAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACg > 1:640535/1‑150 (MQ=255) cgacgaATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACgg < 1:794/150‑1 (MQ=255) cgaATCGCCTCTTCAGGATCGGTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCg < 2:1619567/150‑1 (MQ=255) gaATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGa < 3:462030/150‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAtt < 1:629473/150‑1 (MQ=255) tCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAg > 1:789256/1‑114 (MQ=255) tctTCAGGATCGTTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACGGGGCTGTAGCATGCGTNGACCAGCAGACGGCCGATTGGgcgc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |