Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (‑2/+1) | glpR ← / ← glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 98.4% | 445.1 / ‑3.8 | 125 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (57/66); total (59/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCATCCGGCGACAAT > NC_000913/3560162‑3560744 | cttgccgGCTCTGTCATTCACCACCGGCGAGAAGGATGCTAAAAGCTTCTTTTACCCTTAACGTGTTAGCAACGTTGTGATTGTTTGTGTCCATGAGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTGCCTGCTTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGAt < 1:242026/296‑1 (MQ=255) ggCTGAGTAAGTCGCCACCGGCGAGAATGATGGCAAAATCTTGTTTTACCATAAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTTTGGGGGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGt < 2:434192/300‑1 (MQ=255) gCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGAACAGGTTTTg > 2:871547/1‑300 (MQ=255) gCGTAATTCGACACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGGTGAGATTGCTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑GGAGCAGTGAGGGAGCGACAGCGTCCGGCGTGGTGCCGATAGCGATAAACAGCGTCGAGCCACGGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGtttgg > 2:16725/1‑298 (MQ=255) cggaatgcaccACCGGGGAGAATGATGCGAAAATCTTCGTTTACCAGCAACGTGTTGGCAACGTTGAGATTGTTGGTGGCGATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGGTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGAGATCGAGAAACAGCGTCTAGCCAGTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGc < 1:107341/291‑1 (MQ=255) cGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGc < 2:35193/300‑1 (MQ=255) tAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTc > 2:338945/1‑300 (MQ=255) 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gggagaATGTAGAGAAAATCTGCATTTAACATGAACGTGTTGGGAACGTTGAGATGGGTGGTGACAATGCGCAAAGTGCCGG‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGGGGGTTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGGGGCGAGCCATTGGGGAGTGGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg < 1:600085/298‑1 (MQ=255) cggaaaggctcgtaaagtcgccgtgtACCAATAACTTGGTAGCAAAGTGGAGATGGTGGTGGACAATGCGCAAATGGCTGC‑T‑GT‑TCGGAAGGTCGTGCGCTACCGCGTCCGGCGTGGGGCTGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCAGTGGTGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCGCTGTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCGTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAAACGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGa < 1:561062/275‑1 (MQ=255) ataaTGATGCGAAAATCTTCTTGTACCAGCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGt < 2:685669/299‑1 (MQ=255) agaATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGATCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCTAACTGGCACGCACCGCCGCACCGCCCTGCT‑GG‑CGCCGGACCAGATTTTCCGCCGGCAGCCCagtacg > 1:701695/1‑294 (MQ=255) aaaaTCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑a > 2:394289/1‑301 (MQ=255) aaaTCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGAAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCGCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTACCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑Ag < 2:676591/301‑1 (MQ=255) aaaTCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAAATTGTTGTTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGGGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑Ag < 2:543037/301‑1 (MQ=255) tgcttattTTCCCTTCAACGTGTTTGCAACTGTTAGATTGTGGTGGAAAATGCGCTATGTGGTTG‑T‑AT‑TGAGCGGGGCGTGCGCTACCGGTTCCGGCGGGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTGGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCGCTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTGCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTc < 2:817961/299‑1 (MQ=255) tcttttTTTACCATCAACGGGTTAGTAACGTTGGGATGGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCt < 2:470309/301‑1 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aTCGTGCCACGGCGGGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTcc < 2:452636/301‑1 (MQ=255) gcgtTAACCGAACTGCAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGTTCGCGGCGAAT‑CGTCTGCCGGCTGACCGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAATTCGCTCATACCGTTTCGACGTTGTGTTCGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGATCTACACATCAAAAGCCATCGTTAAACCTCCGCATAACACCGCGATGTGTCCTCAGTCCGCCATCGaa > 1:196205/3‑300 (MQ=255) gttaaaccatcgcgcaGGCAGTGCCGTCACGCCATGGT‑GG‑CGCAGGATCGTGTTGTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTTCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGTTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACa < 1:267911/285‑1 (MQ=255) aaCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGAtgtgt < 1:334200/273‑1 (MQ=255) aaCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGAtgtgt > 2:334210/1‑273 (MQ=255) ccATGAT‑GG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGGTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAAAAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGACGTGTGCTCAGTTCGCCATCGACATCCTAAACAAATAAAACCATCCGCCGACaac > 2:182852/1‑299 (MQ=255) | CATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGT‑G‑AT‑TGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAT‑GG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAAT‑AGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCATCCGGCGACAAT > NC_000913/3560162‑3560744 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |