| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2661788 = | 142 (1.100) | 4 (0.040) | 4/222 | NT | 3.3% | intergenic (‑181/‑140) | USA300HOU_2514/USA300HOU_2515 | HAD superfamily hydrolase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| ? | CP000730 | 2661832 = | 109 (0.970) | intergenic (‑225/‑96) | USA300HOU_2514/USA300HOU_2515 | HAD superfamily hydrolase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TCCATCTCATGACAAGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTA > CP000730/2661648‑2661924 | tCCATCTCATGACAAGCAATGAGGTTTGTGATACCACAATGAAGCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACAGTAGACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATACAGTaaaaa > 2:870476/1‑141 (MQ=255)tCCATCTCATGACAAGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTaaaaa > 2:1571928/1‑141 (MQ=255) aTCTCATGACAAGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAatat < 1:444693/141‑1 (MQ=255) gtttgtttttaacttttaaagaatagttatttagtttcatgtatacaactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATc < 2:1560338‑M1/5‑1 (MQ=255) 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1:171239/1‑141 (MQ=255) gtttttaacttttaaagaatagttatttagtttcatgtatacaactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCacac < 2:1264356‑M1/9‑1 (MQ=255) tttttaacttttaaagaatagttatttagtttcatgtatacaactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACt > 1:1062223‑M1/132‑141 (MQ=255) tGACAAGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACt < 2:311710/141‑1 (MQ=255) gACAAGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACta > 2:739749/1‑141 (MQ=255) tttaacttttaaagaatagttatttagtttcatgtatacaactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACtat < 1:228675‑M1/12‑1 (MQ=255) 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2:256970/1‑141 (MQ=255) aaGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTatat < 2:644997/141‑1 (MQ=255) aaGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTatat < 2:193939/141‑1 (MQ=255) aacttttaaagaatagttatttagtttcatgtatacaactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATAtt > 2:843314‑M1/127‑141 (MQ=255) aGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATAtt < 2:1356416/141‑1 (MQ=255) aGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATAtt < 1:1424100/141‑1 (MQ=255) 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1:1625758/1‑141 (MQ=255) aGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCAttt > 1:73438/1‑141 (MQ=255) gTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGACCTAGCCTTCAGCGGAGCCCATAACTATGTGAATATTGCATAACAATCCCACCAAATTTATCATATAGCCa > 1:751998/1‑141 (MQ=255) tCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACaa < 1:1271743/141‑1 (MQ=255) tCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACaa < 1:591599/141‑1 (MQ=255) agttatttagtttcatgtatacaactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACaa > 2:897669‑M1/113‑141 (MQ=255) 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TCCATCTCATGACAAGCAATGAAGTTTGTCATACCACAATGAACCTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTA > CP000730/2661648‑2661924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |