| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2062972 | 92 (0.710) | 12 (0.100) | 8/226 | NT | 13.1% | intergenic (+53/+137) | pheA/sdcS | prephenate dehydratase/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter |
| ? | CP000730 | = 2062986 | 78 (0.680) | intergenic (+67/+123) | pheA/sdcS | prephenate dehydratase/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCAATGGCAGTGG > CP000730/2062846‑2063126 | ccGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCACGGCTTAAAATAGGAatcc < 2:758909/141‑1 (MQ=255) cGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCa > 2:1304698‑M2/1‑140 (MQ=255) cGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCa > 1:684598‑M2/1‑140 (MQ=255) atatAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatc < 1:703423‑M2/141‑4 (MQ=255) ataAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGCCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcct < 1:1038316‑M2/141‑6 (MQ=255) taAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcctt < 1:1640288‑M2/141‑7 (MQ=255) aaagaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttg < 1:1016692‑M2/141‑8 (MQ=255) agaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAATTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcgttggt < 2:205067‑M2/141‑10 (MQ=255) agaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggt > 2:968575‑M2/1‑132 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt < 1:1207854‑M2/141‑11 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt > 1:969342‑M2/1‑131 (MQ=255) aagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttga < 2:611489‑M2/141‑13 (MQ=255) agTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgac < 1:448464‑M2/141‑14 (MQ=255) tCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActt < 2:586468/141‑1 (MQ=255) cATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 2:1467914/141‑1 (MQ=255) cATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 1:775934/141‑1 (MQ=255) aTTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttc > 1:1638912/1‑141 (MQ=255) aTTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttc > 1:283775/1‑141 (MQ=255) ttGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttct < 1:1265676/141‑1 (MQ=255) tGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt > 1:649668/1‑141 (MQ=255) tGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt < 2:123889/141‑1 (MQ=255) gCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttcttt < 2:308131/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgt > 2:167773/1‑141 (MQ=255) ttttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtt > 1:481228/1‑141 (MQ=255) ttttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtt < 2:750347/141‑1 (MQ=255) tttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgttt < 1:129154/141‑1 (MQ=255) ttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtttg < 2:706961/141‑1 (MQ=255) aaaCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTAtt > 1:647175/1‑141 (MQ=255) aaCCTTATATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTTCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTCAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTg < 1:644725/141‑1 (MQ=255) aaCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTg < 2:1197685/141‑1 (MQ=255) aaCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTg > 2:1018694/1‑141 (MQ=255) aCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGt > 1:1413688/1‑141 (MQ=255) cTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttt > 1:8793/1‑141 (MQ=255) cTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttt < 2:1286086/141‑1 (MQ=255) ttAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtttt > 1:425122/1‑141 (MQ=255) ttAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGACAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCACCCTTGCTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtttt > 1:1359179/1‑141 (MQ=255) ttCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACg < 1:228261/141‑1 (MQ=255) cAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAt < 2:215997/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |