| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,198,373 | T→C | 6.2% | H152H (CAT→CAC) | kdpD → | sensor histidine kinase KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,198,373 | 0 | T | C | 6.2% | 396.9 / 12.6 | 130 | H152H (CAT→CAC) | kdpD | sensor histidine kinase KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/57); new base C (2/6); total (66/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATATTTCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCATTTAGTAA > CP000730/2198234‑2198513 | atatTTCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATg > 1:204614/1‑141 (MQ=255) tatTTCTAGAGATCGTGATGAGAAACGATATATGGACATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATCCCACTTTGAACATTCAACATATGGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATgg > 2:1333424/1‑140 (MQ=255) tttCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTa < 2:881289/141‑1 (MQ=255) ttCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACACGttct < 1:331942/141‑3 (MQ=255) tgtAGAGAGCGTCATGAGAAGCGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACACGttctt < 2:1380433/139‑4 (MQ=255) tCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTaaa > 1:1353463/1‑141 (MQ=255) tCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACACGttctt < 2:1268362/141‑4 (MQ=255) cTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAg < 2:128023/141‑1 (MQ=255) agagATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTCTGAACATACAACATATTGAAAGATTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGATAAAGaa > 2:205646/1‑141 (MQ=255) agaTCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACg < 2:1230813/141‑1 (MQ=255) agaTCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACg > 2:674595/1‑141 (MQ=255) tCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACgtgt > 1:1499454/1‑141 (MQ=255) tCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACgtgt > 2:48137/1‑141 (MQ=255) cGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTa > 1:1087111/1‑141 (MQ=255) cGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTa > 2:398183/1‑141 (MQ=255) tCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTAcc > 1:1419820/1‑141 (MQ=255) cATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTAccc > 1:157836/1‑141 (MQ=255) agaAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCTATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACt < 1:493555/141‑1 (MQ=255) aaCGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTAtt < 1:1011870/141‑1 (MQ=255) aCGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTAttt > 2:664892/1‑141 (MQ=255) aCGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTAttt > 1:856592/1‑141 (MQ=255) atatatGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCAt < 2:1356162/141‑1 (MQ=255) atatatGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCAt > 2:811346/1‑141 (MQ=255) tatatGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATa > 1:763870/1‑141 (MQ=255) atatTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAgcg < 2:680870/141‑1 (MQ=255) atTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGcc < 2:157836/141‑1 (MQ=255) tGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGa < 2:496682/141‑1 (MQ=255) tGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGa < 1:76657/141‑1 (MQ=255) agaaATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGt > 2:351391/1‑141 (MQ=255) agaaATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGt > 1:848862/1‑141 (MQ=255) agaaATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACACGttctttaaca > 1:118000/1‑100 (MQ=255) agaaATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACACGttctttaaca < 2:117967/108‑9 (MQ=255) aaTTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTAtt > 2:438715/1‑141 (MQ=255) aTTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTa > 2:1616727/1‑141 (MQ=255) aTTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTa < 2:630437/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTa > 1:1117924/1‑141 (MQ=255) ttttAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAg > 1:1503516/1‑141 (MQ=255) ttttAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAg > 1:304161/1‑141 (MQ=255) ttAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGaa < 2:981050/141‑1 (MQ=255) aaaTCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGt > 1:120997/1‑141 (MQ=255) aaTCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTc > 2:363166/1‑141 (MQ=255) aaTCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTc > 2:1639828/1‑141 (MQ=255) aaTCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTc > 1:39840/1‑141 (MQ=255) aTCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCg < 2:27569/141‑1 (MQ=255) aTCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATAtc < 2:1353463/141‑1 (MQ=255) aTCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATAtc < 1:228572/141‑1 (MQ=255) aTCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATAtc > 1:1026347/1‑141 (MQ=255) aTCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATAtc > 2:1124975/1‑141 (MQ=255) cGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTa > 1:1294405/1‑124 (MQ=255) cGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTa < 2:1294405/124‑1 (MQ=255) aTGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCAc < 2:700077/141‑1 (MQ=255) tGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCAcc < 1:242970/141‑1 (MQ=255) tCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGa < 2:1499454/141‑1 (MQ=255) cATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGaa < 2:6095/141‑1 (MQ=255) aTACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTaaa > 1:951155/1‑74 (MQ=255) aTACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTaaa < 2:951155/74‑1 (MQ=255) aCCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACTCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACaa < 1:340619/141‑1 (MQ=255) aCCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACaa < 1:417361/141‑1 (MQ=255) aCCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACaa < 1:164448/141‑1 (MQ=255) aCCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACaa > 1:788604/1‑141 (MQ=255) tttGAACATTCAACTTAGTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACaattaat < 2:932614/141‑1 (MQ=255) tttGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACaattaat < 2:993107/141‑1 (MQ=255) gAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAAttaattaa > 1:1352775/1‑141 (MQ=255) aaCATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCt > 2:440340/1‑126 (MQ=255) aaCATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTaaa > 2:509834/1‑141 (MQ=255) aCATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAAc > 1:1480483/1‑141 (MQ=255) ttCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCt > 2:1125006/1‑141 (MQ=255) cAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTa > 1:1159500/1‑141 (MQ=255) cATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTaaaa < 2:1219770/141‑1 (MQ=255) cATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTaaaa > 2:84105/1‑141 (MQ=255) tatTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGc < 1:1385386/141‑1 (MQ=255) atTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCt < 2:1641678/141‑1 (MQ=255) atTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCt > 2:976511/1‑141 (MQ=255) aGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAg > 2:330040/1‑141 (MQ=255) tttAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGt < 1:664892/141‑1 (MQ=255) ttAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGta > 1:1281280/1‑141 (MQ=255) tAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGtat < 1:1006799/141‑1 (MQ=255) agtagtCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGtatat < 2:950753/141‑1 (MQ=255) agtagtCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGtatat > 1:646903/1‑141 (MQ=255) gtagtCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGtatata > 2:427082/1‑141 (MQ=255) gtCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATaaaa > 2:969971/1‑141 (MQ=255) cAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAg > 1:647664/1‑141 (MQ=255) cAAATTGAACTGATGACCGGTGTACAAGATAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACATGAACATTTACTTCAGTGCTTTAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAg < 2:908880/141‑1 (MQ=255) aaTTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGa < 1:431701/141‑1 (MQ=255) tGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAg > 1:1020705/1‑141 (MQ=255) aCTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCt < 2:208106/141‑1 (MQ=255) aCTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGCACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCt < 1:944735/141‑1 (MQ=255) gatgaCCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGa < 1:1632700/141‑1 (MQ=255) gatgaCCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGa > 1:1216014/1‑141 (MQ=255) gatgaCCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGa < 2:821822/141‑1 (MQ=255) gatgaCCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGa > 1:1287891/1‑141 (MQ=255) tgaCCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATg < 2:1462650/141‑1 (MQ=255) ggTGTACATGTTAAAGAACGAGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGGCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCa > 1:59299/1‑141 (MQ=255) gtgtACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCAt > 1:506920/1‑141 (MQ=255) tgtACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCAtt < 1:873438/141‑1 (MQ=255) tgtACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCAtt < 1:315439/141‑1 (MQ=255) gtACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCAttt > 2:1207288/1‑141 (MQ=255) tACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGTTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCATTTa < 1:861047/141‑1 (MQ=255) aCATGTTAAAGAACGTGTACCCTACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTAATAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTAGAAAAAAAAAAAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCATTTAg < 2:658808/141‑1 (MQ=255) tGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCATTTAGTaa > 1:963729/1‑141 (MQ=255) | ATATTTCTAGAGATCGTCATGAGAAACGATATATGGATATTGAAGAAATTTTAAATCATGGTATCGATGTTCATACCACTTTGAACATTCAACATATTGAAAGTTTAAGTAGTCAAATTGAACTGATGACCGGTGTACATGTTAAAGAACGTGTACCCGACTATTTCATAATGAGCGCCGATGTATTAGAAGTCGTAGATATCTCACCTGAACAATTAATTAAACGCTTAAAAGCTGGCAAGGTATATAAAAAGGATAGGCTAGATGTAGCATTTAGTAA > CP000730/2198234‑2198513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |