| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,669,453 | C→T | 7.3% | A118V (GCT→GTT) | yicL → | DMT superfamily drug/metabolite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,669,453 | 0 | C | T | 7.3% | 160.6 / 3.5 | 55 | A118V (GCT→GTT) | yicL | DMT superfamily drug/metabolite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/27); new base T (2/2); total (26/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
TACAAAATGATGCAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTTTATTATTAACAA > CP000730/2669314‑2669593 | tACAAAATGATGCAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgct > 1:424626/1‑141 (MQ=255) aCAAAATGATGCAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgctg < 2:147068/141‑1 (MQ=255) cAAAATGATGCAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgctgc < 1:202529/141‑1 (MQ=255) aaaaTGATGCAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCg > 1:253638/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACa < 1:312785/141‑1 (MQ=255) cAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACa > 2:94013/1‑141 (MQ=255) aaCCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGTTGCAATCGCAGCAt < 2:138075/141‑1 (MQ=255) ccAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGTTGCAATCGCAGCATtac < 1:212354/141‑1 (MQ=255) aaaCGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATtacta < 1:115931/141‑1 (MQ=255) cGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGt < 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tGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACattat < 1:328547/141‑1 (MQ=255) aTGTTAGTAGTACAATATGCTTTTATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGAt < 1:93210/141‑1 (MQ=255) ttAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATGTTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGAtgtg > 2:90929/1‑141 (MQ=255) gtagtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGtgctt < 1:526090/141‑1 (MQ=255) tagtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGtgcttg < 1:303465/141‑1 (MQ=255) tagtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGtgcttg > 2:593081/1‑141 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2:83846/1‑141 (MQ=255) gCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATg < 1:467833/141‑1 (MQ=255) gCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATg < 2:223291/141‑1 (MQ=255) cTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTa > 2:290817/1‑110 (MQ=255) cTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTa < 1:290817/110‑1 (MQ=255) gCATCTAATGATAGAGGTAATGCTGCGATTGCAACTTTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATCTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTATCATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTa > 2:365981/1‑141 (MQ=255) aTCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAgg < 1:469468/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACAtttt < 1:518247/141‑1 (MQ=255) aTACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACAtttt < 1:518221/141‑1 (MQ=255) aGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTttatt > 1:515827/1‑141 (MQ=255) tAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTttattatt < 2:112653/141‑1 (MQ=255) aTGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTTTATTATTaa > 1:143816/1‑141 (MQ=255) tgctgcGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTTTATTATTAAc < 2:339061/141‑1 (MQ=255) gctgcGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTTTATTATTAACa > 2:496152/1‑141 (MQ=255) gctgcGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGGTTATATTATTATTTGGTTCGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATCTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGCACATTTTTATTATTAACa > 2:548428/1‑141 (MQ=255) ctgcGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTTTATTATTAACaa > 1:104300/1‑141 (MQ=255) | TACAAAATGATGCAACCCAAACGTTCAATATTTAGCGTATTCCAAGATCGACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTTGCTATTATCATGACACTATTAGGAACATTTTTATTATTAACAA > CP000730/2669314‑2669593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |