| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,121 | C→T | 13.9% | intergenic (+173/+359) | cbpD → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,121 | 0 | C | T | 13.9% | 184.1 / 18.7 | 72 | intergenic (+173/+359) | cbpD/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/35); new base T (5/5); total (32/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
CCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATT > CP000730/2679981‑2680259 | ccTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGc > 2:165389/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAGCTGGTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt < 1:359546/141‑1 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt < 1:255023/141‑1 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt < 2:447868/141‑1 (MQ=255) 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1:180995/1‑141 (MQ=255) aaaTTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAAtc < 1:679995/141‑1 (MQ=255) tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAAtttttt < 2:194153/141‑1 (MQ=255) tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑tt < 2:191955/141‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCa < 2:51644/141‑1 (MQ=255) aaCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATTTATACCTTGTTCTATCTCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAg > 1:491093/1‑141 (MQ=255) 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2:708587/141‑1 (MQ=255) ttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGAAAAAAAAAAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTaa < 2:512610/141‑1 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 2:381549/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAANTTAACTGAGTTTNTGAGACCTGTTTAAAt < 1:394475/141‑1 (MQ=255) tGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAtt > 1:610512/1‑141 (MQ=255) | CCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATT > CP000730/2679981‑2680259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |