| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,126 | A→G | 17.2% | intergenic (+178/+354) | cbpD → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,126 | 0 | A | G | 17.2% | 141.9 / 23.7 | 64 | intergenic (+178/+354) | cbpD/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/30); new base G (5/6); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
ATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACT > CP000730/2679986‑2680266 | aTGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCtatta > 1:562332/1‑141 (MQ=255) cGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTAttt < 2:422737/141‑1 (MQ=255) gtgATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTaaa > 2:154507/1‑141 (MQ=255) gATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAaata > 2:89440/1‑141 (MQ=255) tAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTTAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAaataat < 2:101131/141‑1 (MQ=255) tAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAaataat < 1:151485/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCg > 2:71232/1‑141 (MQ=255) gTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCt < 2:335580/141‑1 (MQ=255) tttattttatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCtata > 1:268760/1‑141 (MQ=255) ttttatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACtt > 1:90242/1‑141 (MQ=255) ttttatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACtt > 1:396059/1‑141 (MQ=255) tatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAAc > 1:194153/1‑141 (MQ=255) tatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAAc < 1:19903/141‑1 (MQ=255) tatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAAc < 1:232305/141‑1 (MQ=255) atGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACa < 1:304368/141‑1 (MQ=255) aaTTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACg > 2:114913/1‑141 (MQ=255) tattaCTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGat > 1:81191/1‑141 (MQ=255) taCTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGAtata < 1:681520/141‑1 (MQ=255) tcTTCTACAAATTTCAAATTGCCCTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATaa < 2:643580/140‑1 (MQ=255) tttCTACAATTTTCAGATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATACTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATGCGTTTTCGATATaaa < 2:317542/140‑1 (MQ=255) cTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCt > 2:386494/1‑141 (MQ=255) cTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCt < 1:165389/141‑1 (MQ=255) aCAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTg < 2:665491/141‑1 (MQ=255) aaaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGtt < 1:604382/141‑1 (MQ=255) aaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAAAAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTc > 1:180995/1‑141 (MQ=255) aaaTTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAAtc < 1:679995/141‑1 (MQ=255) tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAAtttttt < 2:194153/141‑1 (MQ=255) tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑tt < 2:191955/141‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCa < 2:51644/141‑1 (MQ=255) aaCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATTTATACCTTGTTCTATCTCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAg > 1:491093/1‑141 (MQ=255) cTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGtt < 1:71232/141‑1 (MQ=255) caaattaccATCTTCGGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACTAACCTTTTTCTAAATCACT‑‑TACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGt < 2:185798/133‑1 (MQ=255) ttattTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTaaa > 1:243904/1‑141 (MQ=255) ttattTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTaaa > 2:425276/1‑141 (MQ=255) tttCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTaaaaaa < 1:662660/141‑1 (MQ=255) tttCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTaaaaaa < 1:662637/141‑1 (MQ=255) tttCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTaaaaaa < 1:662634/141‑1 (MQ=255) aTCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAaataa > 1:474850/1‑141 (MQ=255) tAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTaa > 1:662603/1‑141 (MQ=255) aGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAc > 2:295574/1‑141 (MQ=255) aGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAc > 2:427991/1‑141 (MQ=255) gCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACt < 1:401871/141‑1 (MQ=255) tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAATTGAg > 1:394452/1‑141 (MQ=255) tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg < 1:295574/141‑1 (MQ=255) tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg < 1:583869/141‑1 (MQ=255) tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg > 1:525950/1‑141 (MQ=255) aTCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGtt > 1:87450/1‑141 (MQ=255) ctaagtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAAcc > 2:6147/8‑70 (MQ=255) ctaagtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAAcc < 1:6147/63‑1 (MQ=255) taagtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGata > 1:401215/7‑63 (MQ=255) taagtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGata < 2:401215/57‑1 (MQ=255) aagtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGatac < 2:408277/58‑2 (MQ=255) aagtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGatac > 1:408277/6‑62 (MQ=255) agtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAAtcactt < 2:523125/79‑5 (MQ=255) agtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAAtcactt > 1:523125/5‑79 (MQ=255) gtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAAtcactta > 2:669334/4‑78 (MQ=255) gtttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAAtcactta < 1:669334/80‑6 (MQ=255) ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAc < 1:126136/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTATGCTATTATTTAAATAATTAGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTT‑‑‑AATAATTTTTTTCTG‑TTTTCATAGTAATAAGATAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTg < 2:383740/141‑1 (MQ=255) aaTTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAcc < 1:154507/141‑1 (MQ=255) tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa < 2:708587/141‑1 (MQ=255) ttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGAAAAAAAAAAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTaa < 2:512610/141‑1 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 2:381549/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAANTTAACTGAGTTTNTGAGACCTGTTTAAAt < 1:394475/141‑1 (MQ=255) tGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAtt > 1:610512/1‑141 (MQ=255) attattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgatg < 1:640241/141‑1 (MQ=255) attattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgatg < 1:599351/141‑1 (MQ=255) tattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGAc > 1:103019/1‑141 (MQ=255) attTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt > 1:658330/1‑141 (MQ=255) | ATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACT > CP000730/2679986‑2680266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |