| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,811,059 | T→C | 6.5% | I109V (ATT→GTT) | secY2 ← | Sec family Type I general secretory pathway protein SecY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,811,059 | 0 | T | C | 6.5% | 183.9 / 3.5 | 61 | I109V (ATT→GTT) | secY2 | Sec family Type I general secretory pathway protein SecY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/28); new base C (2/2); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
ATTTTTGTCAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGAAAATGTTTAA > CP000730/2810922‑2811197 | aTTTTTGTCAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTaa > 1:572901/1‑141 (MQ=255) ttGTCAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGtt > 1:451776/1‑141 (MQ=255) tCAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAg < 1:688366/141‑1 (MQ=255) cAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGa > 1:595399/1‑141 (MQ=255) cAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGa < 2:475934/141‑1 (MQ=255) cTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATgc < 2:552738/141‑1 (MQ=255) tAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATgcg < 1:706050/141‑1 (MQ=255) ccAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGctc < 1:55776/141‑1 (MQ=255) ccAAACCAATACCATCGTTCCAGTAACCAAATTCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAACGACTTTGAATAACACCTAAAATTAATGTTAAGATGCGctc < 2:42766/141‑1 (MQ=255) cAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGctct > 1:13577/1‑141 (MQ=255) cTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTtat > 1:709990/1‑141 (MQ=255) ataaCATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAAt < 2:55445/141‑1 (MQ=255) taaCATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATg > 2:118768/1‑141 (MQ=255) aaCATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGc > 1:451706/1‑141 (MQ=255) aaCATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGc < 2:313192/141‑1 (MQ=255) aTCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTtc > 1:536417/1‑141 (MQ=255) cGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTtctc < 2:690684/141‑1 (MQ=255) tCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAg > 1:696990/1‑141 (MQ=255) ccAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGa > 2:669159/1‑141 (MQ=255) aGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAACTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACt > 1:95410/1‑141 (MQ=255) aGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAACTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACt > 1:95431/1‑141 (MQ=255) aaCCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACttgt < 1:250717/141‑1 (MQ=255) ccAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACttgttt > 1:466150/1‑141 (MQ=255) aaaTCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCGTTATAATGCTTCTCAAGACTtgtttgtt > 1:628808/1‑141 (MQ=255) atatTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGt > 2:585297/1‑141 (MQ=255) atTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTAt > 2:288258/1‑141 (MQ=255) gTTAAGTAAATATTGTCTTGCTGCACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAACTATCTTTCAATCACCCTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTa < 1:530422/141‑1 (MQ=255) aaaTATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTNATGTATTTATCCatat < 1:466837/141‑1 (MQ=255) aaaTATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCatat > 1:238104/1‑141 (MQ=255) aaaTATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCatat < 1:65034/141‑1 (MQ=255) aaTATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATAtt < 2:634261/141‑1 (MQ=255) atatTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTc > 2:123719/1‑141 (MQ=255) tCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATaa < 1:514944/141‑1 (MQ=255) ttGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGa > 1:359005/1‑141 (MQ=255) gaACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCa < 2:209241/141‑1 (MQ=255) gTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAACTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCa < 2:95431/141‑1 (MQ=255) gTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAACTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCa < 2:95410/141‑1 (MQ=255) aaCATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCAt < 1:286715/141‑1 (MQ=255) aaCATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCAt < 1:471243/141‑1 (MQ=255) atatTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGa > 2:75689/1‑141 (MQ=255) atTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATg > 2:520258/1‑141 (MQ=255) atTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATg > 1:362950/1‑141 (MQ=255) atTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCGCGAGACTTGGTTGGTTCATTTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGAtt > 1:601214/1‑140 (MQ=255) cATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTa < 1:75689/141‑1 (MQ=255) aTGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTaa < 2:282097/141‑1 (MQ=255) aaTCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCa < 2:472568/141‑1 (MQ=255) aaTCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCa > 1:120472/1‑141 (MQ=255) tCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACg < 2:451706/141‑1 (MQ=255) acaAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGa > 2:663281/1‑141 (MQ=255) aaaTAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCt < 1:288258/141‑1 (MQ=255) aaTAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTa > 1:677060/1‑141 (MQ=255) cTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATATTAACCACGGACCTAATCCt > 2:487169/1‑141 (MQ=255) tttGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTa < 2:301681/141‑1 (MQ=255) ttGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTaa > 1:367761/1‑141 (MQ=255) acacTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGaaa > 2:187117/1‑141 (MQ=255) acacTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGaaa < 2:86665/141‑1 (MQ=255) cacTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGaaaa > 2:436641/1‑141 (MQ=255) tAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGAAAATGtt < 2:51722/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGAAAATGTTTa > 1:329711/1‑141 (MQ=255) aaTTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATGATGCTTCTCAAGCCTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGAAAATGTTTaa < 1:603503/141‑1 (MQ=255) aaTTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGCCTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGAAAATGTTTaa < 1:603541/141‑1 (MQ=255) | ATTTTTGTCAGCTAACCAAACTAATAACATCGTTCCAGTAACCAAAATCAATATTGTTAAGTAAATATTGTCTTGATGAACACGTTCTTTCGAAACATATTCATGAATCACAAAATAACTTTGAATAACACTTAAAATTAATGTTAAGATGCGCTCTTTATAATGCTTCTCAAGACTTGTTTGTTTCATGTATTTATCCATATTCCGATAAGAAATCAGCATCAAGATAATCATTGATGTTAACCACGGACCTAATCCTAAAGTGAAAATGTTTAA > CP000730/2810922‑2811197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |