| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,779,810 | A→T | 8.2% | intergenic (‑1835/+1414) | tig ← / ← lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,779,810 | 0 | A | T | 8.2% | 188.6 / 9.3 | 61 | intergenic (‑1835/+1414) | tig/lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/32); new base T (3/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
TGATTTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATACCAGCTTTTTTCAAA > CP000730/1779670‑1779947 | tGATTTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACaa < 2:475649/141‑1 (MQ=255) ttGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGcc < 1:88562/141‑1 (MQ=255) tcaAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCtt < 1:222577/141‑1 (MQ=255) tAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCTTTTTtatt < 1:658696/141‑2 (MQ=255) 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(MQ=255) cctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg > 1:255882/1‑141 (MQ=255) cctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg < 2:85181/141‑1 (MQ=255) cctcACTTTAAAGCTTGTTCTCTTAAATGCATTCTACCAAATCTGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATATTGCTATTTAAACAATAAAAAAGCGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg < 2:11950/141‑1 (MQ=255) ctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGc > 2:260790/1‑141 (MQ=255) tcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCa < 1:673965/141‑1 (MQ=255) tttAATGTTTGTTATCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGACATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |