| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,269 | 0 | C | T | 60.7% | 114.2 / inf | 306 | A95T (GCA→ACA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/49); new base T (97/88); total (168/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGT > CP000730/36132‑36409 | tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc < 2:845/141‑1 (MQ=17) cTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAAt > 2:130052/1‑141 (MQ=17) ttcaacgAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATg > 2:67712/7‑141 (MQ=17) ttCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATg > 1:188900/1‑141 (MQ=32) 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1:269310/141‑1 (MQ=255) atttCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:279509/138‑1 (MQ=255) atgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:100442/141‑1 (MQ=255) atgtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:226495/141‑1 (MQ=25) tgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGa > 2:66086/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTttctt < 2:237957/105‑1 (MQ=255) tCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACCTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAACTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATCTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 1:8525/1‑141 (MQ=11) tCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 2:353608/1‑141 (MQ=25) tCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 2:354898/1‑141 (MQ=40) cccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAcc < 1:250223/141‑1 (MQ=255) cccTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAcc > 2:45347/1‑141 (MQ=21) cccTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAAGAAGCTTTTGTATGCTGTTTCTTCCAAATTTGATATAAATCTGGGTCACATTcgtcaccc > 2:15134/1‑134 (MQ=11) ccTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAccc > 2:216209/1‑141 (MQ=21) ctctGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCa > 1:171804/1‑141 (MQ=21) | TACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGT > CP000730/36132‑36409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |