Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,291,7850AG50.0% 0.8 / 18.5 16H325R (CAC→CGC) USA300HOU_2155transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (5/3);  new base G (4/4);  total (9/7)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TCAAAAGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGAAAACA  >  CP000730/2291763‑2291923
                      |                                                                                                                                          
tCAAAAGACGATATACTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTg                      >  2:1360514/1‑141 (MQ=9)
tCAAAAGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTg                      >  1:71960/1‑141 (MQ=31)
 cAAAAGACGATATACTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTgg                     <  2:720390/141‑1 (MQ=11)
  aaaaGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGt                    <  2:439894/141‑1 (MQ=32)
   aaaGACGATATACTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGtt                   <  1:1323719/141‑1 (MQ=11)
   aaaGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGtt                   >  2:847016/1‑141 (MQ=32)
      gACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTaaa                >  1:1112510/1‑141 (MQ=32)
       aCGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAat               <  1:625133/141‑1 (MQ=32)
            ataCTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAAtattat          <  1:399220/141‑1 (MQ=11)
             tactacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATtata         >  1:1188547/1‑141 (MQ=11)
             tactacGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATtata         <  1:993566/141‑1 (MQ=32)
               ctacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGa       >  1:572608/1‑141 (MQ=11)
               ctacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGa       >  1:594281/1‑141 (MQ=11)
                tacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGaa      <  2:1348210/141‑1 (MQ=11)
                tacGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGATAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGTGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGaa      >  1:1210586/1‑141 (MQ=17)
                tacGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGaa      >  2:707206/1‑141 (MQ=32)
                    acacGCCGACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTAGTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGAAAACa  <  2:371555/141‑1 (MQ=12)
                      |                                                                                                                                          
TCAAAAGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGAAAACA  >  CP000730/2291763‑2291923

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: