Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,291,785 | 0 | A | G | 50.0% | 0.8 / 18.5 | 16 | H325R (CAC→CGC) | USA300HOU_2155 | transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/3); new base G (4/4); total (9/7) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCAAAAGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGAAAACA > CP000730/2291763‑2291923 | tCAAAAGACGATATACTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTg > 2:1360514/1‑141 (MQ=9) tCAAAAGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTg > 1:71960/1‑141 (MQ=31) cAAAAGACGATATACTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTgg < 2:720390/141‑1 (MQ=11) aaaaGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGt < 2:439894/141‑1 (MQ=32) aaaGACGATATACTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGtt < 1:1323719/141‑1 (MQ=11) aaaGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGtt > 2:847016/1‑141 (MQ=32) gACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTaaa > 1:1112510/1‑141 (MQ=32) aCGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAat < 1:625133/141‑1 (MQ=32) ataCTACGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAAtattat < 1:399220/141‑1 (MQ=11) tactacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATtata > 1:1188547/1‑141 (MQ=11) tactacGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATtata < 1:993566/141‑1 (MQ=32) ctacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGa > 1:572608/1‑141 (MQ=11) ctacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGa > 1:594281/1‑141 (MQ=11) tacGACGCTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTAAGAAAAGATCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAAGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGaa < 2:1348210/141‑1 (MQ=11) tacGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGATAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGTGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGaa > 1:1210586/1‑141 (MQ=17) tacGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGaa > 2:707206/1‑141 (MQ=32) acacGCCGACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTAGTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGAAAACa < 2:371555/141‑1 (MQ=12) | TCAAAAGACGATATACTACGACACTCCTACGAACTTGTCCAAGGATTACGAAAAGACCTAAGGTTATGTAATTGGCCTAAATTTATTAATCGTTTAAATTCAGTTAGTAAAAAGTCTGTGAGTAAGGGTGTATGGAAAGTGGTTAAATATTATAGAAAACA > CP000730/2291763‑2291923 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |