Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,744,428 | T→C | K82E (AAA→GAA) | apt ← | adenine phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,744,428 | 0 | T | C | 97.0% | 213.4 / ‑2.8 | 67 | K82E (AAA→GAA) | apt | adenine phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (33/32); total (35/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
ATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTT > CP000730/1744292‑1744564 | aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCct > 1:332466/1‑141 (MQ=255) tACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCcttctt < 1:420532/141‑1 (MQ=255) tACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCcttctt < 2:161259/141‑1 (MQ=255) caccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTc > 2:296455/1‑141 (MQ=255) accaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCt > 1:833184/1‑141 (MQ=255) accaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCt > 1:281163/1‑141 (MQ=255) ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTa < 1:828979/141‑1 (MQ=255) ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTa > 2:840047/1‑141 (MQ=255) aGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAAc < 2:190383/141‑1 (MQ=255) taataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGc < 2:317165/141‑1 (MQ=255) aataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTCACAGGTGCa > 2:650408/1‑141 (MQ=255) ataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCaa < 2:73923/141‑1 (MQ=255) aaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGc > 2:836811/1‑141 (MQ=255) atcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGcc < 1:701051/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 1:720119/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 1:410462/141‑1 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGACTGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 1:652012/1‑141 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAt < 2:332466/141‑1 (MQ=255) ttAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTg < 1:596445/141‑1 (MQ=255) gTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTa < 2:914998/141‑1 (MQ=255) gTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGTATTTTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTa < 2:849985/141‑1 (MQ=255) tGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACa > 2:284628/1‑141 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGa > 2:516882/1‑141 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa < 2:929851/141‑1 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa < 2:917042/141‑1 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa > 2:176867/1‑141 (MQ=255) tttAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGcc < 1:723515/141‑1 (MQ=255) ttcaaTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGcc < 1:622506/138‑1 (MQ=255) aaTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAAt < 1:176867/141‑1 (MQ=255) aaTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAAt > 1:608291/1‑141 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATg > 2:579341/1‑141 (MQ=255) ttGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACCCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGa < 1:839901/141‑1 (MQ=255) tGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGAt > 2:684822/1‑141 (MQ=255) cATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATaa > 2:95707/1‑141 (MQ=255) tCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACa < 1:645117/90‑1 (MQ=255) tCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACa > 2:645117/1‑90 (MQ=255) cTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGc > 1:21403/1‑141 (MQ=255) tttGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGcc > 2:359415/1‑141 (MQ=255) gtgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcg > 2:996520/1‑141 (MQ=255) tgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcgc > 2:132051/1‑141 (MQ=255) gCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcgcg < 1:141007/141‑1 (MQ=255) tGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTc > 1:175881/1‑141 (MQ=255) tAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAgg < 1:427330/141‑1 (MQ=255) aaaCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTc < 1:970565/141‑1 (MQ=255) aCCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAg < 2:764026/92‑1 (MQ=255) aCCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAg > 1:764026/1‑92 (MQ=255) aCCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGat > 2:624648/1‑141 (MQ=255) aCCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGat > 1:398396/1‑141 (MQ=255) tAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACAtc > 2:29601/1‑141 (MQ=255) aGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAAc > 2:173670/1‑128 (MQ=255) aGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAAc < 1:173670/128‑1 (MQ=255) aCTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCtt < 2:1007586/141‑1 (MQ=255) aCTCATAACGAATGACTGCACGAGGTAAGTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAACGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAGAGCCACGCGCCTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCtt < 2:1007665/141‑1 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAgg > 1:13354/1‑111 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAgg < 2:13354/111‑1 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCCGCCttt > 2:698497/1‑141 (MQ=255) aTGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCt > 1:815578/1‑141 (MQ=255) aTGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCt > 1:226942/1‑141 (MQ=255) aTGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCt > 2:525933/1‑141 (MQ=255) tGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTa > 2:719576/1‑141 (MQ=255) tCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAtt < 2:281163/141‑1 (MQ=255) aCGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAtttt > 1:354759/1‑141 (MQ=255) aGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATc < 1:174478/141‑1 (MQ=255) ggTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCt < 2:169338/141‑1 (MQ=255) gTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCttt < 2:908007/118‑1 (MQ=255) gTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCttt > 1:908007/1‑118 (MQ=255) aaTTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGtt > 2:230559/1‑141 (MQ=255) | ATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTT > CP000730/1744292‑1744564 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |