| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 402,660 | G→A | 5.1% | V89V (GTG→GTA) | USA300HOU_0372 → | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 402,660 | 0 | G | A | 5.1% | 299.4 / 2.9 | 97 | V89V (GTG→GTA) | USA300HOU_0372 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/43); new base A (3/2); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
TAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGCCTAATAAATTGACTATTAAAGATATTGATAAAGTATTTCAATCTATTTATATGACTTGGAATAGTCAAAAATTCTTTGATTTAATCAAATATTTCGAGTTACCACTACAAACTAAAATTAAAACTTTTTCAAGAGGGAT > CP000730/402522‑402800 | tAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACGGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGcc < 1:1087344/141‑1 (MQ=255) aaTCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGCCta < 1:581667/141‑1 (MQ=255) aaTCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGCCta < 2:969415/141‑1 (MQ=255) aaTCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGCCta < 1:389598/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |