| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 618,756 | T→C | 9.5% | S1286S (AGT→AGC) | sdrD → | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 618,756 | 0 | T | C | 9.5% | 200.7 / 2.7 | 84 | S1286S (AGT→AGC) | sdrD | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/38); new base C (2/7); total (39/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATGCAGGTAAGCACACACCTGTTAAACCAATGAGTA > CP000730/618618‑618895 | agtttcagatAGCGATTCAGACTCAGTGAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGa < 1:430144/138‑1 (MQ=255) attcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGAtt > 2:163426/1‑141 (MQ=255) ttcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGGTTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTc > 1:102461/1‑141 (MQ=255) ttcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTc > 1:145195/1‑141 (MQ=255) ttcagagAGCGAGTCGGACTCATATAGCGACGCAGACTCTGATACTTACTCATACGCATATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTc < 1:98832/141‑1 (MQ=18) tccgatAGCGATTCTGTCTCAGACAGCGTCTCAGACTCAGATTGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCa < 2:412244/138‑1 (MQ=18) tcagatAGCGATTCGGAATCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACACAGATTCAGACAGCGACTCAGATACGGAGAGAGAATCAGATTAAAATAGGGACTCAGAATCGGATAATGaataa > 2:638635/1‑137 (MQ=14) cagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAg > 1:345556/1‑141 (MQ=255) agatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGa < 1:65815/141‑1 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGAc < 1:86090/141‑1 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGAc > 1:947521/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc > 1:227719/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc < 1:151996/141‑1 (MQ=255) accGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCa < 2:229790/139‑1 (MQ=255) cGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGa > 1:577893/1‑141 (MQ=255) cGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGa < 1:784924/141‑1 (MQ=255) cGATTCGGACTCAGATAGCGACACAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGa < 2:342632/141‑1 (MQ=255) gACTCAGCTATCCACTCAGATTCAGATACTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgat < 2:949607/141‑2 (MQ=17) cAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactcag > 2:490707/1‑141 (MQ=255) cGACTCAAATTCATAGAGGGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGActcagactcaga < 2:753287/141‑1 (MQ=17) gACTCAGATTCAGATAGTGAATCAGACTCATATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGAt < 2:1027116/141‑1 (MQ=255) tcagattcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGc > 1:104250/1‑141 (MQ=255) tcagattcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGc < 1:116085/141‑1 (MQ=255) gtattcacgtACTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCga < 2:282072/139‑1 (MQ=17) atattcagatAGCGAATCAGACTCGTATGGCTTGGCGGATTCAGACAGCCGCTTGTTTTCGAAGAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCga < 1:593629/139‑1 (MQ=9) agattcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCga < 1:1023229/141‑1 (MQ=255) agattcagatAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCga < 2:403140/141‑1 (MQ=255) cagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcag > 1:552784/1‑141 (MQ=255) gatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCCGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGAgattcagat > 1:503473/1‑141 (MQ=255) tgTGATTCAGCCGCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcagattca < 1:152574/140‑1 (MQ=255) tCAGCCGCAGATATCGACTCCGCTACATACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGc < 2:833583/141‑1 (MQ=14) cAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCg > 1:739405/1‑141 (MQ=255) aCTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCgact > 1:709645/1‑141 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGGCTCAGATAGCGACTCAGTCTCGGATAGCGAGTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGAAAGCGAGTCAGACTCAGGTAGGgacta > 2:152574/1‑140 (MQ=11) attcagaaatgtcTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCgactc < 2:834231/129‑1 (MQ=255) aGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCgactcaga > 1:926999/1‑141 (MQ=255) cGACTCAGATTCAGACAGCGACTCCGACTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGACAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGActcagactcaga < 2:643348/141‑1 (MQ=255) cGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGActcagactcaga < 2:758265/141‑1 (MQ=255) cTCGGATTCAGACAGCGACTCAGATGCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGCCTCAGACAg < 1:955888/141‑1 (MQ=255) cTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAg < 1:967019/141‑1 (MQ=14) cTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAg < 1:347091/141‑1 (MQ=14) aGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGa > 2:505808/1‑141 (MQ=255) actCAGACACCGTCTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGAtt < 2:574043/139‑1 (MQ=14) actCACACAGCGCCTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGAtt < 2:574076/139‑1 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2:84652/1‑141 (MQ=255) gACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATGCAGGTAAGcac > 2:794776/1‑141 (MQ=255) cAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATGCAGGTAAGcacac > 1:93244/1‑141 (MQ=255) gCGACTCAGACGCGGAGAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATGCAGGTAAGCacacac < 2:447309/141‑1 (MQ=17) aCTCAGACTCTGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATACAGATCGCGACTCAGACTCAGACAGCGAGACAGACCCAGACATCGACTCAGACTCAGAGGCAGAAAAGCACACACCTg > 2:371593/1‑141 (MQ=17) cTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATGCAGGTAAGCACACACCTGt < 1:665396/141‑1 (MQ=255) 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2:861137/1‑141 (MQ=255) | AGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATGCAGGTAAGCACACACCTGTTAAACCAATGAGTA > CP000730/618618‑618895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |